Предполагая, что главным объектом его сибирской командировки станут народы тундры, Кастрен решил не ехать со своим спутником в Олонецкую губернию, используя время, оставшееся до новой экспедиции для изучения ненцев, кочующих зимой на северо-востоке Архангельской губернии. Не желая бездействовать до наступления холодов, летом 1842 г. он отправился по Белому морю к саамам терского берега. Неожиданно налетевший шторм оторвал его баркас от корабля и вынес Кастрена на безлюдный берег, где он в бреду пролежал три дня в холодной рыбацкой хижине, пока его не нашла таможенная стража. Он описал свое состояние так: «Я опять впал в лихорадочный бред. Мне казалось, что я окружен разбойниками и, пытаясь скрыться от них, я метался по своему темному убежищу. Считая избу недостаточно надежным местом, я бросился к лесу. Узкая тропа привела меня к маленькому ручью, окаймленному березами и кустами бузины. Это вернуло мне сознание, и я прилег у журчащего ручья, прислушиваясь к пению птиц и вдыхая запах цветов. Моя голова была так тяжела, что я не мог оторвать ее от земли, при каждой попытке меня охватывало головокружение и сознание терялось, но чем дальше, тем легче мне становилось». Описанное в такой романтической манере потрясение оставит неизгладимый след в его жизни, развившейся тяжелой болезнью, но как писал сам Кастрен: «...кто в увлечениях молодости не готов жертвовать жизнью за идею!». В Архангельске, выздоравливающий Кастрен нанял себе слугу-ненца, чтобы тот учил его «самоедскому наречию», надеясь вскоре опробовать приобретенные навыки в тундре. Тогда же, он получил столь необходимую для предстоящего путешествия денежную субсидию в 1000 рублей от Финляндского Сената. Столь существенная сумма еще раз подчеркивает заинтересованность властей автономии в научных исследованиях, направленных на идентификацию финнов в историческом времени, языковом окружении и географическом пространстве.
Ранней зимой 1842 г., едва оправившись от приступов горячки и слегка попрактиковавшись в ненецком языке с помощью слуги-ненца, Кастрен выехал из Мезени в Канинскую тундру, направляясь к кочевьям в устье Печоры. Как он сам писал: «Ни на какие удобства рассчитывать не приходилось; предстояла жизнь с ночевками в пустынной тундре, то в убогих самоедских чумах, то в тесных избах русских колонистов, в которых снег пробивается сквозь дырявые стены, а пламя свечи задувается ветром, где один только волчий тулуп может защитить от стужи. Но ученый путешественник должен всюду чувствовать себя как дома, и внешние препятствия не должны помешать ему исследовать ту область, в которой он может найти что-либо полезное для его цели». Работая с информантами ненцами и коми-ижемцами в чумах и на постоялых дворах, он писал со своей летней стоянки в д. Колва: «Меня мучила жара и сырость. Мне не давали покоя комары, насекомые и целая куча крикливых детей. Хотя я привык работать во всяких условиях, но здесь мне трудно было собраться с мыслями, и я часто уходил в погреб, устроенный под моей избой. Здесь под землей я писал свою зырянскую грамматику, но и здесь моим занятиям мешали крысы и мыши. Самоедским языком, который был в Колве главным предметом моих занятий, я вынужден был заниматься на верхнем этаже, так как мой учитель питал ужас к моей преисподней и неохотно спускался в ее лоно». Можно отметить, что Кастрен весьма успешно конструирует своими записками героический образ ученого-романтика, преданного своей идее настолько, что готов пройти самые различные круги испытаний и спустится на самые нижние уровни ради достижения поставленной цели.