Это «Послание» и события Кровавого воскресенья Флоренский воспринял в эпицентре волнений, происходивших в Академии. 31 января студенты МДА, солидаризируясь с учащимися Петербургской и Казанской академий, объявили забастовку, решив не посещать занятий. От поведения Флоренского в этот момент зависело очень многое. Во-первых, он был старше большинства однокурсников, отчего считался среди них негласным лидером. Во-вторых, пользовался несомненным авторитетом преподавателей и осознавал особое расположение к себе ректора епископа Евдокима.
Можно себе представить терзания Флоренского. С одной стороны, он ещё по университету помнил, как студенческие бунты вырождаются в словоблудие «интеллигентных деятелей» и в результате только сбивают с учебного ритма. С другой стороны, Кровавое воскресенье по-настоящему потрясло всё общество, и отстраниться от этого потрясения, промолчать было бы откровенным малодушием.
В итоге Флоренский отправляет руководству Академии записку от лица студентов первого курса, в которой оказывается очень дипломатичен, взвешивает каждое слово. Он говорит, что студенты «не вправе высказываться непосредственно о вопросах политики», но считают необходимым «предотвратить нравственный разлад», возникший из-за «Послания» Синода. При этом первокурсники готовы объявить забастовку, только если «будет ходатайствовать о том же большинство студентов». В случае отсутствия поддержки большинства отправители записки поступят «согласно указанию своего епископа».
Как видно, Флоренский стремился не обострить ситуацию, а напротив, сдержать её в мирном русле. Этого же хотел ректор. Он до последнего отговаривал студентов от забастовки, несколько раз созывал собрание Совета Академии, где даже некоторые преподаватели высказывались за приостановку занятий; направлял депутацию к митрополиту Московскому Владимиру с просьбой распустить студентов до второй недели Великого поста, но митрополит не удовлетворил просьбу. Не смирила студентов соборная молитва 10 февраля в Покровском храме Академии: заупокойная литургия и панихида по убиенному террористом Каляевым великому князю Сергею Александровичу. Так во второй половине февраля занятия фактически были прерваны, учащиеся разъехались и собрались в Академии на первой седмице Великого поста, в начале марта. Главное, что забастовка не повлекла за собой беспорядков и каких-либо жертв.
Но после всего произошедшего Флоренский заговорил о своём разочаровании в ректоре, о том, что тому в сложившейся ситуации не хватило «духовной высоты», что он повёл себя не как пастырь, а как «начальник». Молодые, горячие сердца студентов ждали от Церкви слов заступничества за невинно убиенных 9 января. Ждали, что Церковь осудит несправедливость, открыто скажет, что погибли «наши братья во Христе». И не услышав подобных слов от Святейшего Синода, забастовавшие надеялись услышать их от такого близкого им отца ректора, но и он промолчал.
Однако Флоренский верил, что в Церкви есть истинные пастыри, для которых «в святой момент партийность и чиновничество, честолюбие и личные расчеты отходят в сторону и сияет одна правда — неискаженная правда Христова». Об этом он говорит в письмах близким и в проекте коллективного письма студентов МДА для газеты «Слово», которая обсуждала на своих страницах вопросы будущих церковных реформ. Флоренский убеждён в необходимости Поместного собора, но при этом осторожен в оценках восстановления Патриаршества, которое может привести к господству в церкви какой-либо группы духовенства, «партии»: «Как бы ни была хороша партия, раз она партия, то она тем самым изменяет духовной свободе и христианству и, значит, нежелательна, в особенности же нежелательна в Церкви».
Но при этом в суждениях Флоренского нет даже намёка на изменение государственного строя, на разрыв православия и монархии.
Флоренский не принял радикальности «Христианского Братства Борьбы». Не возгорелся он от самого замысла, не приехал вместе с Эрном и Свенцицким в феврале 1905 года в Петербург, сразу, по воспоминаниям Андрея Белого, почувствовав в этой затее «фальшь и реакционность». Хотя со Свенцицким, которого он знал ещё по университету, Флоренский оставался близок вплоть до 1908 года.
Молодые люди сходились в том, что в современной церкви поугас пламень веры. Оба близко к сердцу принимали общественные трагедии и несправедливость. Их объединяло Историко-филологическое общество Московского университета и организованное позже Московское религиозно-философское общество памяти Владимира Соловьёва. При этом они расходились в оценке Розанова и в суждениях о типах познания. Но главное, Флоренский во многом не принимал взглядов Свенцицкого на Церковь. И «Братство» обострило это расхождение.
Время изменит многое. Оба станут священниками, но у каждого будут свой путь, свой крест и своя Голгофа. Неизвестно, что сказали бы друг другу они, что бы вспомнили, если бы вдруг встретились в 20-е или 30-е годы. Ясно только, что в начале века «Братство» послужило не братскому сплочению, а разладу.