Не найдя его, 2 сентября оба судна снялись с якоря и направились для дальнейшего поиска места зимовки на о. Кадьяк или в другом районе «острова» Аляска. В пути в сильный шторм суда разлучились. Креницын направился к о. Уналашка. Сильные штормы не прекращались. С большим трудом удалось вновь пройти в пролив между о. Унимак и полуостровом Аляска. Моряки в байдарах осматривали оба берега пролива. 18 сентября Креницын собрал совещание штурманов и квартирмейстеров и принял решение зимовать в заливе о. Унимак против материкового берега.
Кстати, по сообщениям священника Вильяма Кокса, спутника знаменитого английского мореплавателя капитана Джеймса Кука, и знаменитого путешественника и ученого, члена Петербургской Академии наук Петра Симона Далласа, галиот «Св. Екатерина» зимовал у о. «Аляксы». В то же время известный историк отечественного флота капитан 2-го ранга Александр Петрович Соколов (1816–1858) утверждал, что
Место для зимовки оказалось неудачным. Как указывал Паллас, «вход в морской пролив, за которым лежит этот остров[26]
с северовосточной стороны весьма труден по причине сильного морского течения как во время прилива, так и отлива; да и воды там мало. С юго–восточной же стороны вход гораздо удобнее: ибо глубина оного простирается до 5,5 сажен». По мнению известного историка географических открытий Иосифа Петровича Магидовича, залив Креницына (бухту Св. Екатерины) вряд ли можно назвать «удобной гаванью», как назвал ее А. П. Соколов [7, с. 117–118].На берегах пролива моряки стали заготавливать лес для строительства жилищ — юрт из плавника. Галиот был вытащен на берег, чтобы он не пострадал от зимних бурь. Дни становились холоднее. Шли дожди с градом.
Скоро к месту зимовки приплыли
Затем произошло еще несколько стычек с туземцами. Теперь при появлении моряков на берегу или в прибрежных лесах туземцы уплывали в море на байдарках или уходили в глубь полуострова. Морякам хотелось установить хорошие отношения с туземцами. Обследуя побережье Аляски, моряки «в пустых юртах находили сухую рыбу. Кою привезли с собою. А в то место оставлено в юртах игол 250, сукна красного 4 аршина, бисеру 2 фунта».
Плохие отношения с туземцами крайне затрудняли морякам проведение охоты на увиденных в походах по побережью полуострова
22 ноября туземцы подплыли к месту зимовки на двух байдарах. С ними вступили в беседу.
Они вновь уговаривали толмачей покинуть зимовку и перейти к ним. Молодые толмачи не согласились и сообщили Креницыну, что туземцы готовятся к нападению на зимовку с намерением сжечь галиот.
Погода стояла холодная, шли дожди, порой выпадал снег и донимали снежные метели. С декабря многие из моряков начали ослабевать, началась цинга. Первым умер казак, раненный туземцами. В январе 1769 г. число больных дошло до 22. В апреле здоровых моряков осталось только 12, но и они ослабели. В числе скончавшихся были штурманы Дудин больший, Крашенинников и Чиненой, подштурман Ларионов, промышленники Новоселов, Лебедев и Дружинин. 4 мая в возрасте всего 40 лет умер выдающийся мореход С. Г. Глотов. Всего за время зимовки скончались 36 моряков.
В декабре и январе туземцы не появлялись в районе зимовки. В феврале 1769 г. они появились снова. Но теперь положение моряков стало просто трагическим. Продукты заканчивались, землянки разрушались от талой воды, оставшиеся в живых изможденные моряки даже не смогли провести необходимый ремонт судна.