Когда в VI в. в Риме воцарился император Константин, гонения на христиан прекратились. Король франков Дагобер принял христианство и еще при жизни высказал желание быть похороненным в селении, которое некогда называлось Катуллиакум, а при Дагобере носило имя Сен-Дени, в честь епископа Дионисия. В Сен-Дени было основано аббатство, которое перестроил в 1122 г. аббат Сугерий (Сюжер). Сугерий был королевским министром, выдающимся богословом и знатоком церковной архитектуры. Именно Сугерию выпала великая и благородная задача: перестроить церковь, возведенную королем франков Дагобером и по легенде освященную самим Христом. О старой церкви короля Дагобера Сугерий писал так: «Когда славный и всеми почитаемый король франков Дагобер бежал в Сен-Дени, спасаясь от гнева отца своего Хлотаря Великого, он, приняв достойное удивления решение, повелел построить базилику, украшенную с королевской роскошью. Он украсил церковь, в которой приказал построить разные удивительные колонны из мрамора, несметное число сокровищ из чистого золота и серебра, и повелел на стенах ее, на колоннах и арках, повесить златотканые, разными жемчугами во многих местах расшитые ткани, дабы строение превзошло красотой все иные церкви, со всех сторон красовалось бы несравнимым блеском и сияло бы во всем великолепии своей драгоценной роскоши». По мнению Сугерия, церковь, построенная Дагобером, имела лишь один недостаток – она была невелика. И этот недостаток аббат и королевский министр взялся исправить.
Аббат Сугерий хотел сохранить неф старинного аббатства, который, согласно легенде, был освящен самим Христом, и решил возводить стены на западе, востоке, севере и юге. Сугерий преобразил аббатство Сен-Дени в духе «пламенеющей готики» – высокие башни, шпили которых словно пронзали небо, ажурный, как кружево, камень, могучие колонны, порталы, украшенные роскошным скульптурным декором… Зубчатые стены Сен-Дени напоминали неприступный замок.
Аббатство и в самом деле стало твердыней – со времен аббата Сугерия оно символизировало величие и силу французской монархии. Новые хоры главной церкви аббатства строились три года. В середине церкви возвышалось 12 колонн, в боковых нефах – столько же. В июне 1144 г. состоялось торжественное освящение церкви. Однако смерть не позволила аббату Сугерию закончить свой грандиозный проект, и его задачу унаследовали потомки.
В XIII столетии Сен-Дени достраивали и перестраивали аббаты Од Клеман (Eudes Clément) (1229–1245), Гийом де Массури (Guillaume de Massouris) (1245–1254) и Матье де Вандом (Mathieu de Vendôme) (1258–1286) и архитектор Пьер де Монтрейль. В середине XIII в. в церкви аббатства Сен-Дени возвели гробницы для королей и королев, похороненных в аббатстве, и прежде всего для Людовика Святого.
В XVI в. в церкви Сен-Дени возвели ротонду Валуа, предназначенную для погребения королей и королев из этой династии – Генриха II, Екатерины Медичи и их детей. Однако строительство ротонды Валуа прервали кровопролитные религиозные войны между католиками и гугенотами. В 1719 г. незаконченный памятник династии Валуа был уничтожен. Его место отмечено большой круглой плитой из бетона, воспроизводящей план ротонды. В Сен-Дени нашел последнее упокоение и заклятый враг династии Валуа, протестант Генрих Наваррский, муж прекрасной Маргариты Валуа, правивший Францией под именем Генриха IV.