В начале июня 1863 г. французы вошли в Мехико. Сразу же вслед за этим по приказу Наполеона III был установлен марионеточный режим Второй Мексиканской империи, правителем которой был провозглашен австрийский эрцгерцог Максимилиан.
Максимилиан, эрцгерцог Австрийский и младший брат Франца Иосифа, императора Австрии из династии Габсбургов, был весьма честолюбив, но до сих пор находился не у дел. Наполеон III понимал, что если бы он смог утвердить его на мексиканском престоле, то Франция помирилась бы с католической Австрией, отношения с которой были испорчены французской поддержкой итальянской войны за объединение, и получила бы союзника на случай ухудшения отношений с могущественной Пруссией. К тому же это был преданный союзник французов в Мексике. Максимилиан с радостью откликнулся на предложение французского императора и 12 марта 1864 г. подписал с ним Мирармарское соглашение, которым принимал титул императора Мексики. В обмен на французскую военную поддержку Максимилиан согласился, что Мексика признает долг в 270 млн франков. Таким образом, настоящий долг страны был утроен (!) и тяжким бременем повис на ней на долгие годы. После прибытия в 1864 г. в Мексику супруги короновались и остались жить в Мехико, выбрав резиденцией Чапультепекский дворец. Став императрицей, амбициозная Шарлотта сменила имя и стала на испанский манер именоваться Карлотой.
Постепенно республиканцы были оттеснены в голый, редконаселенный север, где Бенито Хуарес столкнулся с растущим недовольством сторонников. Либеральные губернаторы оказались представлены сами себе, и Хуаресу приходилось применять весь свой дипломатический талант, чтобы удерживать их на своей стороне. Наиболее ненадежным был губернатор Видорри, управлявший двумя северо-восточными провинциями Коахила и Нуэво Лерин на границе с Техасом. Доход провинций составляли таможенные пошлины и контрабанда в блокированную Конфедерацию. Видорри направил эти финансовые потоки себе в карман и превратился в де-факто независимого королька. В феврале 1864 г. Хуарес попробовал перенести свою столицу в Монтеррей, столицу миниимперии Видорри, но встретил сопротивление губернатора. В конце концов семитысячная армия Хуареса изгнала Видорри в Техас, где тот превратился в рьяного сторонника империи. Положение Хуареса становилось все более шатким.
К весне 1864 г. французы управляли одной седьмой всей территории Мексики с населением в 3 млн человек. Но в Мексике только каждый двадцатый был действительным императорским сторонником. К тому же французы и их консервативные союзники не могли установить гарнизон в каждой деревне, даже имея в наличии почти 40 тысяч солдат. Как только деревню покидали французы, туда возвращались сторонники Бенито Хуареса.
Все это работало против Максимилиана. Наполеон III преднамеренно приказал генералу Форею, по его возвращении в Париж, не вступать в контакт с Максимилианом, а сам эрцгерцог не сделал ничего, чтобы узнать настоящее положение вещей в своей новой империи. Все время морского путешествия из Триеста в Вера-Крус он с женой Шарлоттой, дочерью бельгийского короля Леопольда I, провел за трудом, достойным его императорского величества — составлением трехсотстраничного придворного этикета. По прибытии в свою новую столицу Максимилиан нашел дворец в абсолютной разрухе, полным вшей и прочих паразитов.
Следует отметить, что новоиспеченный император Мексики хотел быть приличным, просвещенным правителем, проповедующим либеральные настроения. Кстати, именно они являлись главной причиной, по которой Франц Иосиф желал удалить Максимилиана из Австрии. Став императором Мексики, он начал одеваться в мексиканскую национальную одежду и сделал официальным праздником годовщину обретения Мексикой независимости. Он приказал пересмотреть кодексы и уволить коррумпированных судей, отказался отменить либеральное постановление о конфискации церковных земель и признать право Франции на «аренду» серебряных копей в Соноре. Но дело в том, что Максимилиан не имел никакого опыта управления страной, власть в которой принадлежала французским оккупационным войскам генерала Базена, а экономика находилась в руках владельцев крупных поместий.
Пока французская армия одерживала победы, дела шли хорошо. К осени 1864 г. французы достигли границы Техаса по Мексиканскому заливу. Это дало им контроль над торговлей с Конфедерацией и таможенными доходами. В феврале 1865 г. генерал Базен принудил к капитуляции восьмитысячную республиканскую армию в крепости Оахака, к югу от Мехико. Хуаресу пришлось сбежать в далекий и бесплодный северный штат Чиуауа на границе с Аризоной.