После того как республиканские войска вошли в Лион, Конвент 12 октября 1793 года принял после доклада Барера декрет о наказании мятежного города. Последний подлежал переименованию в «Освобожденную коммуну». Все богатые дома предписывалось снести, а на их руинах воздвигнуть колонну с надписью «Лион восстал против Республики, Лиона больше нет». Карать виновных «по законам военного времени» должны были специально созданные трибуналы. Однако Кутон, представлявший Конвент в Лионе, старался избежать широких репрессий и массового разрушения домов. По этой причине его отозвали в Париж, прислав на замену Колло д’Эрбуа и Жозефа Фуше, бывшего преподавателя коллежа, ставшего революционным активистом, а затем и депутатом Конвента. С их прибытием террор в Лионе быстро набрал обороты. За полтора месяца по приговорам «Военной комиссии», судившей захваченных с оружием в руках мятежников, было расстреляно 106 человек, по приговорам «Комиссии народного правосудия», занимавшейся всеми остальными, было гильотинировано 79 человек. Впрочем, даже такие темпы не устраивали Колло и Фуше, и вместо этих двух комиссий они учредили одну – Чрезвычайную. Ее возглавил генерал Пьер-Матье Парен. Бывший парижский писец и участник штурма Бастилии, он сделал во время Революции успешную карьеру на посту председателя военно-полевого суда (военной революционной комиссии) в Вандее. Под его руководством Чрезвычайная комиссия в Лионе немедленно развернула такую активную деятельность, что прежних способов умерщвления приговоренных оказалось недостаточно. Теперь их стали расстреливать из пушек картечью. Только 4 и 5 декабря таким образом жизни лишились до полутысячи человек. Всего же по приговорам Чрезвычайной комиссии были казнены 1684 человека.
В «военной Вандее» и граничивших с ней областях волна террора пошла на подъем после разгрома основных сил Католической и королевской армии. По всей территории, где ранее велись военные действия, республиканцы создавали военно-полевые суды (военные комиссии), десятками и сотнями приговаривавшие к смерти пленных вандейцев, значительную часть из которых составляли женщины.
Особенно широкий масштаб репрессии приобрели в Нанте, где всеми делами заправлял присланный Конвентом «проконсул» Жан-Батист Каррье, бывший мелкий судейский чиновник из Верхней Оверни. После того как он прибыл туда в начале октября, гильотина в Нанте заработала без передышки, отправив на тот свет 144 человека, заподозренных в поддержке «белых». После битвы при Савене в город были доставлены около девяти тысяч пленных вандейцев и членов их семей. Они содержались на бывших товарных складах и на грузовых судах в условиях крайней антисанитарии, которую местный врач Тома так позднее описал следствию:
Получив распоряжение военной комиссии засвидетельствовать беременность большого количества женщин, содержавшихся в помещении складов, я обнаружил там множество трупов; я видел там детей, бьющихся или утопленных в полных экскрементами лоханях. Я проходил по огромным помещениям; мое появление заставляло женщин трепетать: они не видели других мужчин, кроме палачей. ‹…› Я засвидетельствовал беременность тридцати из них; многие из них были беременны уже семь или восемь месяцев; через несколько дней я вернулся, чтобы вновь их осмотреть. ‹…› Я свидетельствую, и душа моя разрывается от горя: эти несчастные женщины были сброшены в реку! Эти картины мучительны, они поражают человечество; однако я должен дать суду самый точный отчет о том, что знаю.
Неудивительно, что в таких условиях среди заключенных началась эпидемия тифа, унесшая жизни примерно трех тысяч из них. Остальных по приказу Каррье уничтожили путем массовых утоплений в Луаре и расстрелов. Всего жертвами террора в Нанте стали приблизительно – точной статистики не велось – до 11 тысяч человек, включая, помимо вандейцев, также пленных шуанов, неприсягнувших священников и самих горожан.