В марте 1936 года гестапо захватило все имущество издательства "Верлаг", расположенное в Германии; как пишет Джонс, "все запасы книг для Германии и Австрии, включая книги "Верлага", были перевезены в Лейпциг". Издательство Психоаналитической ассоциации продолжало кое-как существовать в Австрии до прихода в Вену нацистов, которые конфисковали все ценности. Фрейд почувствовал приближение угрозы. В феврале 1934 года он пишет сыну Эрнсту: "Будущее неопределенно, нас ждет либо австрийский фашизм, либо свастика".
Свастика и австрийский фашизм торжествуют победу одновременно, когда нацисты занимают Австрию 11 марта 1938 года. 15 марта группа из службы безопасности ворвалась в квартиру Фрейда, где перерыла комнаты в поисках ценностей; смущенные, как казалось, присутствием Фрейда, они удалились, прихватив из сейфа 6000 шиллингов. Через неделю с обыском явились люди из гестапо и ушли, уведя с собой Анну Фрейд. Дочь Фрейда провела в гестапо целый день и была освобождена лишь к вечеру; по словам Джонса, "это был, несомненно, самый мрачный день в жизни Фрейда", который записал в своем дневнике за 22 марта: "Анна в гестапо". Мартин Фрейд, сотрудник "Верлага", многократно o вызывался в гестапо для допросов.
Семье Фрейда стало необходимо получить выездную визу; многочисленные ходатайства были призваны ускорить и облегчить эти хлопоты. Американский посол Буллитт, сотрудничавший с Фрейдом при редактировании психоаналитического исследования президента Вильсона, заставил вмешаться президента Рузвельта; Эдуарде Вейссу удалось заручиться поддержкой Муссолини, которому Фрейд по просьбе одного пациента направил в 1933 году свое эссе "Почему война?" с таким посвящением: "От старого человека, приветствующего в лице Вождя героя культуры". Джонс со своей стороны занялся получением от британских властей виз на въезд в Англию всей семьи Фрейда.
Чувствуя близкий отъезд, Фрейд пишет Эрнсту 12 мая 1938 года: "Я иногда сравниваю себя со старым Иаковом, приведенным в Египет,... как это собирается изобразить Томас Манн в своем следующем романе. Будем надеяться, что исход из Египта не будет таким, как некогда. Пора Ахасверусу и отдохнуть". Фрейд уже обращался к Библии, когда руководящий комитет Венского психоаналитического общества выбирал для него то место жительства, где он поселился: "После разрушения храма в Иерусалиме Титом равви Иоханан бен Саккаи попросил разрешения открыть школу в Иабнехе для изучения Торы. Мы сделаем то же самое. Мы, в конце концов, приучены к преследованиям нашей историей, традициями, а некоторые из нас - и личным опытом".
После получения виз члены семьи Фрейда начинают покидать Вену: Минна Верней уезжает 5 мая; затем Мартин Фрейд и Матильда Голлитчер в сопровождении мужа, которые прибывают в Лондон, соответственно, 16 и 26 мая; 4 июня окончательно покидает Вену Фрейд с женой, дочерью Анной и двумя служанками, одна из которых, Паула Фихтль, вела хозяйство семьи Фрейдов с 1929 года. После короткой остановки в Париже у Марии Бонапарт они приезжают в Лондон, где их ждет радушный прием. Британские газеты с энтузиазмом восприняли приезд создателя психоанализа, он получает множество приветственных посланий. В конце сентября Фрейд поселяется на Маресфилд Гарденс, 20 в очень хорошем доме с большим садом, где с удовольствием проводит долгие часы и принимает посетителей. Мебель, книги и античные коллекции, наконец, пришли из Вены, так что он чувствует себя как дома. Несмотря на рак, заставляющий его все больше страдать, он берет для психоанализа нескольких пациентов - до четырех в день, а также завершает книгу "Моисей и монотеизм", которая выходит в августе 1939 года в Амстердаме. Он даже начинает "Краткий курс психоанализа", закончить который ему не пришлось: болезнь прогрессировала, причем любое новое хирургическое вмешательство уже исключалось. Раковые ткани все больше разрастаются, производя гнилостный запах; собака Фрейда чау-чау теперь удаляется при приближении хозяина.
Убедившись, что достиг предела в сопротивлении болезни, Фрейд просит своего врача Макса Шура, давшего коща-то такое обещание, помочь ему умереть. Он умирает 23 сентября 1939 года в три часа утра. Его тело предано кремации 26 сентября, а прах помещен в прекрасную греческую вазу, подаренную ему несколькими годами ранее. Погребальная урна, где покоится также прах Марты Фрейд, умершей 2 ноября 1951 года, находится в крематории Голдерс Грин в Лондоне.
Вызов раку