3 января, едва закончились новогодние праздники, Дрейк выехал в Плимут для снаряжения эскадры. Цель его экспедиции, разумеется, хранилась в глубоком секрете, однако молва быстро разнесла весть о том, что адмирал пойдет охотиться за «серебряным флотом». По наблюдению некоего испанского пленника, желающих записаться в экспедицию было столько, что их хватило бы на укомплектование экипажами двухсот кораблей. Но в распоряжении Дрейка находилось пока лишь 13 судов — все из состава прежней экспедиции. Отсутствовали семь обещанных кораблей королевского флота, пять приватных судов лондонской эскадры и пять иных вооруженных «купцов», необходимых для доведения численности эскадры до искомых тридцати единиц.
Увы, политическая ситуация к этому времени снова изменилась. Королева, по всей видимости, получила информацию о том, что Филипп отложил выход своей армады в море на неопределенное время. Данное обстоятельство давало ей шанс попытаться разрешить англо-испанские противоречия мирным путем. Елизавета послала лорд-адмиралу Хоуарду новый приказ: сократить численность набранных команд вдвое. К 18 января этот приказ был выполнен.
Тем временем три судна из числа обещанных Дрейку — «Хоуп», «Нонпарел» и пинас «Эдвайс» — пришли в Портсмут. Еще два судна — «Мейкшифт» и пинас «Спай» — проводили разведку у берегов Испании. Чатемский дивизион, по данным Дж. Корбетта, вышел в море и взял курс на Плимут в середине января. Он включал в себя галеоны «Эйд», «Свифтшур» и 46-пушечный «Ривендж»; последний должен был стать флагманом эскадры Дрейка.
Чтобы ускорить формирование экспедиции, адмирал задержал пять шведских хульков — очевидно, под предлогом того, что они везли военную контрабанду. Два из них вышли из Лиссабона 2 января, а 20-го были захвачены в районе Плимута. От пленных Дрейк узнал, что работы по снаряжению армады полностью «заморожены». Эту информацию вместе с несколькими пленниками он тут же отправил в Лондон. Одновременно от английского посла в Париже пришло сообщение, что болезни, смерти и массовое дезертирство привели армаду в состояние полного расстройства. Елизавета реагировала на полученные известия мгновенно и вновь скорректировала свои планы. Дрейк получил приказ отпустить задержанные шведские суда и ждать дальнейших указаний.
Между тем государственный секретарь Уолсингем не верил, что дела у испанцев обстоят настолько плохо. Он просил Хоуарда не терять бдительности и быть готовым встретить армаду в море уже в апреле. Дрейк тоже не доверял полученным сведениям о пассивности неприятеля и пытался убедить королеву, что испанцы продолжают активно готовиться к походу. Поэтому, полагал он, необходимо взять инициативу в свои руки, нанести по противнику упреждающий удар и сжечь корабли армады в их портах.
Поскольку одно лишь имя Дрейка повергало испанцев в трепет, его появление у берегов Испании могло иметь немалый психологический эффект. Многие суеверные люди искренне верили, что сэр Фрэнсис наделен магическими способностями, что он продал свою душу дьяволу и тот помогает ему во всех начинаниях. Поговаривали, что в его каюте находится волшебное зеркало, которое показывает ему корабли противника и всё, что происходит на них. Словно колдун, он мог влиять на погоду, вызывать бурю, успокаивать волнение на море и заставлять ветры дуть в нужном направлении.
13 февраля Дрейк выслал на разведку к берегам Испании еще один пинас. В то же время были ускорены ремонт и переоснащение королевских кораблей. Несмотря на интриги «партии мира», новый фаворит королевы граф Эссекс — сын прежнего патрона Дрейка — держал сторону «партии войны» и поддерживал все антииспанские проекты сэра Фрэнсиса.
9 февраля неожиданно умер командующий испанской армадой маркиз де Санта-Крус. Филипп II с плохо скрываемым удовлетворением написал спустя неделю: «Господь показал мне свое расположение, забрав его именно теперь, до отплытия флота». Новым командующим — генерал-капитаном моря-океана — король назначил 37-летнего дона Алонсо Переса де Гусмана, двенадцатого сеньора и пятого маркиза Сан-Лукар-де-Баррамеда, девятого графа Ньевла и седьмого герцога Медина-Сидония. Увы, в отличие от своего предшественника, герцог не имел славы опытного флотоводца, но зато был добрым супругом и отцом (имел четырех сыновей), добрым христианином, рачительным хозяином и послушным исполнителем. Филипп не сомневался, что он скрупулезно выполнит его инструкции.