Дрейк ответил ей 13 апреля. По его мнению, теперь, когда испанские эскадры объединились в устье Тежу и стоят под прикрытием береговых фортов, атаковать их там бессмысленно. Более реальным делом представлялось нападение на какой-нибудь менее значительный вражеский порт. Это заставило бы армаду выйти в море, а уж там англичане могли бы помериться с нею силой. Для реализации такого плана Дрейк нуждался в усилении мощи плимутской эскадры и снабжении ее достаточным количеством пороха и продовольствия. Он просил королеву передать под его командование еще четыре военных корабля «и те шестнадцать судов с их пинасами, которые снаряжаются в Лондоне». Сделать это нужно было как можно быстрее, ибо одним из важнейших залогов успеха сэр Фрэнсис считал фактор внезапности. Но его предложения не были приняты во внимание.
17 апреля лорд Хоуард получил приказ идти с частью флота на запад, чтобы соединиться с плимутской эскадрой Дрейка. В районе Дуврского пролива он оставил эскадру лорда Генри Сеймура, который должен был блокировать действия фландрской флотилии герцога Пармы. Флагманом Сеймура был новый галеон «Рейнбоу». Вице-адмиралом эскадры был назначен сэр Генри Палмер, державший свой флаг на 400-тонной «Антилопе», а контр-адмиралом — сэр Уильям Уинтер, командовавший 450-тонным «Вангардом» (он сменил Ричарда Хокинса, командовавшего «Своллоу»), Кроме того, в составе эскадры Сеймура находились еще 14 королевских судов разных типов и размеров, а именно: «Бул» — 200 тонн, капитан Джереми Тёрнер; «Тайгер» — 200 тонн, капитан Джон Восток; «Трамонтана» — 150 тонн, капитан Лак Уорд; «Скаут» — 120 тонн, капитан Генри Эшли; «Эшейтс» — 100 тонн, капитан Грегори Риггс; «Чарлз» — 70 тонн, капитан Джон Робертс; «Спай» — 50 тонн, капитан Амброуз Уорд; «Мерлин» — 50 тонн, капитан Уолтер Гауэр; «Сан» — 40 тонн, командир мистер Ричард Баклер; «Джордж» — 100 тонн, командир мистер Ричард Ходжес; судно «Фэнси»; кеч; 90-тонная бригантина под командованием капитана Томаса Скотта и галера «Бонаволия», переданная под командование Уильяма Бороу. К концу апреля к эскадре Сеймура присоединились также два десятка частных судов из пяти портов и гаваней восточного побережья. Таким образом, располагая примерно сорока судами, он смог надежно прикрыть берега восточных и юго-восточных графств, а также подступы к столице.
Тем временем Дрейк по трем независимым каналам получил свежие разведданные о том, что испанцы, ведя переговоры с английскими посланниками во Фландрии, в то же время не прекращают снаряжение кораблей Великой армады. Вооружившись пером, сэр Фрэнсис решил написать о своих тревогах Елизавете. Он убеждал ее величество в лживости испанских дипломатов и просил не доверять Парме. Передать письмо королеве должен был Уильям Феннер, капитан «Эйда», отправившийся в Лондон 28 апреля.
Очевидно, Елизавета прониклась беспокойством Дрейка. Членам совета было предложено пересмотреть ранее принятый план морской кампании с учетом его предложений.
В начале мая Дрейк и сам отправился в столицу, оставив плимутскую эскадру под командованием своих заместителей — капитанов Томаса Феннера и Роберта Кросса, занимавших посты вице-адмирала и контр-адмирала. Появившись при дворе, он тут же начал отстаивать свой прежний план нанесения удара по испанцам у их собственных берегов. Хотя лорд-адмирал не разделял идей Дрейка, королева стала на сторону последнего. Пересмотр прежних решений был зафиксирован в резолюции совета от 10 мая. Эта резолюция, в частности, предусматривала создание продовольственных резервов; обязывала власти портовых городов снабжать корабли флота всеми необходимыми припасами (при этом кораблям, имевшим двухмесячный запас провианта, разрешалось оставаться у берегов Англии, а располагавшие трехмесячным запасом должны были присоединиться к флоту лорд-адмирала); предписывала объединить эскадры Хоуарда и Дрейка в одно крупное соединение. По сути, резолюция стала компромиссом, призванным объединить положения как первоначального правительственного проекта, так и проекта Дрейка. Она развязывала руки лорд-адмиралу, позволяя ему действовать в соответствии с меняющейся обстановкой, и давала возможность сэру Фрэнсису, как заместителю Хоуарда, заняться делом государственной важности в составе объединенного флота.
Дрейк тут же приказал своим флаг-капитанам установить строгий контроль над расходованием продуктов, списать на берег всех нерадивых матросов и набрать на их место тех, кто изъявит желание служить под его началом. Перед возвращением в Плимут он, по всей видимости, добился от королевы согласия на организацию похода к берегам Испании.
В документах той эпохи сохранились сведения о том, из чего состоял рацион английских моряков. Ежедневно моряку полагались один галлон пива и фунт сухарей; в воскресенье, вторник и четверг — два фунта соленой говядины; в среду, пятницу и субботу — «четверть сушеной трески или одна восьмая свежей трески», а также брынза и масло; в понедельник — фунт соленой свинины с горохом.