Елизавета, узнав о смерти маркиза де Санта-Крус, попыталась возобновить мирные переговоры с Испанией. В конце февраля ее представители выехали во Фландрию, чтобы встретиться с герцогом Пармой. Одновременно Хоуарду и Дрейку было приказано приостановить подготовку кораблей к выходу в море. Это не означало, что офицеры и команды должны были быть списаны на берег. Сохранение флота в состоянии боевой готовности давало Елизавете лишний козырь на переговорах с испанской стороной. Только четыре королевских корабля вернулись на базу в Чатем. Лорд-адмирал перенес свой флаг на «Арк Рэли» — великолепный корабль, построенный по заказу сэра Уолтера Рэли, а затем проданный им королеве за пять тысяч фунтов стерлингов, — и вместе с другими судами дивизиона остался на базе в Куинборо. После ремонта, имея под своим командованием восемь королевских кораблей, один собственный, шесть пинасов и кеч, Хоуард отправился на соединение с эскадрой Палмера, все еще блокировавшей Дюнкерк. Оттуда они вместе отправились к Флиссингену, чтобы демонстрацией военной мощи поддержать находившихся там посланников Елизаветы. Однако переговоры с герцогом Пармой не дали положительного результата; даже глупцам было понятно, что испанская сторона просто тянет время, продолжая снаряжать армаду.
В конце марта герцог Медина-Сидония получил секретные инструкции короля Филиппа. В них отмечалось:
«По получении сего приказа Вы выйдете в море, достигнете Английского канала, пройдете по нему до мыса Маргит и там окажете содействие в переправе герцогу Парме, моему кузену. Вам надлежит извещать его о продвижении, равно как и он будет извещать Вас о своей готовности.
В случае, если буря разметает армаду, назначьте рандеву в бухте Виго, порту Ла-Корунья и около островов Силли. В Ла-Манше надлежит избегать баталий с Дрейком, если только его силы не окажутся в меньшинстве, а ветер будет Вам благоприятствовать… Армада должна дойти в полном составе к месту встречи…
Если же не будет иного исхода, как вступить в сражение с армадами английского адмирала [Хоуарда] и Дрейка, знайте, что Ваши силы значительнее и Вы можете, встав по ветру и произведя иные маневры, дать им бой, ожидая, что Господь ниспошлет Вам победу.
Не примените сообщить всем, что враг, пользуясь артиллерией и огневым боем, не станет приближаться к нашим судам, в то время как в наших интересах сблизиться и взять их на абордаж…»
В это время правительство Елизаветы поставило перед Дрейком новые задачи. Прежний план кампании отменялся; сэру Фрэнсису предписывалось сформировать специальную эскадру для предотвращения возможного вторжения вражеских сил в английские воды. По замыслу министров, все морские силы страны надлежало разделить на два флота — Восточный и Западный. Первый должен был находиться у берегов Великобритании, защищая подступы к ним с востока. В задачу Западного флота входило дежурство на ирландском и испанском направлениях, чтобы не дать возможности армаде прорваться в Южные Нидерланды и соединиться с флотом Фландрии. Кроме того, предусматривалась возможность экспедиции к берегам Португалии, чтобы обеспечить там высадку дона Антониу — претендента на португальскую корону. Финальной частью этой экспедиции должен был стать рейд к Азорским островам с целью перехвата флотилий, направлявшихся в метрополию из Америки и Ост-Индии.
По мнению Дж. Корбетта, этот план не выдерживал никакой критики. Самым слабым его местом было разделение флота на два независимых дивизиона, из коих один должен был оперировать против армады у западных берегов Англии, а второй сдерживать активность флотилии Пармы в Северном море. План полностью игнорировал предложения Дрейка о нанесении превентивного удара по армаде в портах ее базирования.
30 марта Дрейк снова писал членам Королевского совета, доказывая, что «с пятьюдесятью кораблями мы добьемся гораздо большего у их собственных берегов, чем с намного большими силами можем сделать здесь, дома». В этом же письме он сетовал на то, что полученная им амуниция составляет лишь третью часть того, в чем он нуждается, и просил прислать еще пороха, так как имеющегося не хватало даже для проведения учебных артиллерийских стрельб. Порох обещали прислать. Заодно королева спрашивала у Дрейка совета, каким образом можно уничтожить корабли армады, стоявшие в порту Лиссабона, и какой величины должен быть ее флот, чтобы противостоять флоту неприятеля.