В ночь на 10 июня налетел ветер с вест-зюйд-веста, разбросавший испанские суда вдоль побережья; 11 июня ветер начал дуть с зюйд-веста. Через три дня показался мыс Финистерре, возле которого около сорока кораблей армады дрейфовали еще четыре дня, после чего герцог приказал им войти в гавань Ла-Коруньи. Но укрыться в порту удалось лишь части кораблей — остальные, угодив в очередной шторм, были унесены в открытое море. 23 июня налетела еще более жестокая буря. Многие парусники вынуждены были укрыться в гаванях северного побережья. Испанцы опасались, как бы английские корсары не пронюхали о несчастье, приключившемся с армадой, и не начали охотиться за отбившимися от основных сил судами.
27 июня герцог провел в каюте своего флагмана военный совет. На нем присутствовали Хуан Мартинес де Рекальде, командующий сухопутными частями Франсиско де Бобадилья, командиры эскадр Педро и Диего Флорес де Вальдес, Мигель де Окендо и Мартин де Бертендона, командующий галеасами Уго де Монкада, главный инспектор флота Хорхе Манрике и два капитана — Хуан де Веласко и Гаспар де Эрмосилья. Обсуждался вопрос о повреждениях на судах, нехватке провизии и целесообразности дальнейшего осуществления экспедиции. Когда об этом узнал Филипп II, он отправил адмиралу строгий приказ собрать рассеявшиеся суда, спешно отремонтировать их, пополнить поредевшие команды и запасы провизии и продолжить исполнение задуманного предприятия.
На судах английского флота дела тоже обстояли не блестяще. Катастрофически не хватало провианта; сотни матросов и солдат заболели и были списаны на берег; сменившие их новички не имели надлежащего опыта. К счастью, часть продовольственных припасов удалось раздобыть в соседних графствах, и, когда 19 июня подул благоприятный ветер, лорд-адмирал велел ставить паруса. Корабли двинулись к выходу из гавани, но тут, как назло, налетел штормовой ветер с юга, и 21 июня флот вынужден был вернуться назад.
Тем временем испанские хульки и иные суда, отбившиеся от армады, продолжали двигаться к островам Силли в составе двух эскадр. Их было примерно полтора десятка. 17 июня они прибыли на рандеву и почти неделю ожидали подхода основных сил. Здесь их заметили английские пинасы, высланные на разведку. Очевидно, если бы Хоуард имел возможность немедленно вывести свой флот в море, он без труда захватил бы упомянутые испанские суда. Однако время было упущено. Пакетбот, отправленный к островам Силли из Ла-Коруньи, доставил Хуану Гомесу де Медине приказ герцога немедленно вернуться к родным берегам. В открытом море испанцы перехватили две барки, направлявшиеся из Дублина в Бискайский залив с грузом пшеницы, кож и угля. Одну барку они потопили, а другую забрали с собой. Пленные моряки и два ирландских священника сообщили на допросе, что на английском побережье серьезно подготовились к обороне и что Дрейк, по слухам, имел 180 кораблей, разделенных на три эскадры: одна базировалась в Плимуте, а две находились к востоку от Дувра.
Между тем в Плимут пришли давно ожидаемые транспорты с провиантом, и моряки принялись перетаскивать бочки, ящики и мешки на корабли флота. Хоуард запланировал выход в море на понедельник 24 июня, но в воскресенье вечером, сидя в каюте «Арка», лорд-адмирал написал Уолсингему, что готов сняться с якоря в ближайшие три часа. Ветер дул с норд-оста, и лорд-адмирал хотел воспользоваться им, несмотря на то, что погрузка провизии на суда еще не была закончена.
В открытом море погода снова проявила свой изменчивый нрав. Ветер вдруг подул с юго-юго-запада, не позволив флоту идти в сторону островов Силли. Дрейк попытался лавировать, повернув с десятью кораблями к побережью Франции. Увы, все эти перемещения оказались напрасными — испанские суда уже успели уйти восвояси.
Хоуард решил оставить флот на прежних позициях, разделив его на три дивизиона. Ядро флота расположилось на входе в Ла-Манш в его средней части; эскадра Дрейка в составе двадцати кораблей и четырех или пяти пинасов крейсировала на левом фланге, напротив французского острова Уэсан; Хокинс с такими же силами стал на правом фланге, в районе островов Силли. Подобная диспозиция, уместная при действиях на суше, а на море — при использовании галерных флотов, в данном случае была ошибочной, поскольку при встрече с армадой лишала англичан возможности использовать попутный ветер и маневрировать. Дрейк по-прежнему придерживался идеи нанесения удара по противнику у его собственных берегов, но Хоуард на этот раз проигнорировал его мнение.