Роспись украшает всю среднюю часть стены от самого цоколя до орнаментальной кладки закомар. Она задумана как заглавная страница, как своеобразная живописная увертюра. В сконцентрированной форме в ней звучат основные мотивы, развернутые более подробно в живописном решении интерьера. Прежде всего это касается системы распределения изображений. В нижнем ярусе расположены вышитые полотенца, над ними фигуры ангелов, соответствующие фигурам святых отцов церкви и дьяконов в интерьере храма. Выше, в среднем ярусе, - сцены, посвященные теме богоматери, что соответствует сценам богородичного цикла внутри церкви. Самый верхний ярус портальной росписи, где изображен деисус, вводит тему Христа, что также соответствует верхней зоне росписи интерьера. Главное место, и композиционно и тематически, принадлежит фрескам среднего яруса с изображением рождества богородицы и детства Марии. Решенные как единая композиция, они включают четыре самостоятельных сцены: Анна на ложе; женщины, купающие младенца; Мария в колыбели; Иоаким и Анна, ласкающие Марию. Сюжеты эти заимствованы из апокрифической истории детства богоматери, по своему характеру они наиболее "бытовые" в христианской иконографии. Обычно в них включалось множество жанровых подробностей. В Ферапонтовской фреске все иконографически обязательные моменты сохранены, но они приобретают смысл несколько необычный. Анна спокойно сидит на ложе, опустив руки и склонив голову движением, полным достоинства; женщина, стоящая за ложем, почтительно наклонив голову, едва касается рукой края ее покрова. Высокая башня за спиной Анны с полукруглой аркой входа, выступающий угол стола, соединяясь в общую архитектурную композицию, образуют род трона с велюмом вместо балдахина. Полукружие свода портика, повторяя очертание нимба Анны, как будто еще раз увенчивает ее уже увенчанную нимбом голову; женщина справа подносит Анне чашу так почтительно, с такой торжественностью, что эта чаша приобретает значение драгоценного дара, подобия жертвенной чаши. Оттого, что она отчетливо рисуется на гладком фоне светлой стены, она становится композиционным центром группы; по своим очертаниям, по роли в композиции она напоминает чашу в "Троице" Рублева. Две женщины на втором плане, которые, по принятой иконографии, изображают гостей, пришедших навестить Анну, здесь композиционно отнесены к сцене купания. В руках одной из них, той, что стоит над купелью, подарок для Анны, но она держит его благоговейно, едва касаясь пальцами. У средневекового зрителя могла возникнуть ассоциация с дарами, которые в изображении рождества Христова приносят волхвы младенцу. Эти параллели создают внутреннюю зависимость событий, обогащая и усложняя образ.
Правая часть портальной росписи, где представлены эпизоды детства Марии, еще более жанровая по сюжету; но и здесь Дионисий помещает небольшую колыбель на фоне массивной стены с двумя башнями и пышным занавесом; в правой группе три широких ступени подобны трону, на котором восседают родители Марии.
Все четыре эпизода - как бы четыре вариации одной и той же сцены: в первом - это поклонение Анне, родившей Марию, во втором - это именно ей, Марии, пришли поклониться женщины, и ей предназначены дары; на нее указывает женщина у колыбели, как бы призывая подошедшую к ней девушку поклониться младенцу; наконец, ей поклоняется Иоаким, как поклонялся Иосиф младенцу Христу, как поклонялись ему волхвы. Тема прославления богоматери звучит как внутренняя мелодия портальной фрески, как ее поэтический подтекст; она предваряет главную тему росписей в интерьере храма: тему Акафиста, песнопения в честь богоматери.
Сценам, иллюстрирующим песни Акафиста, отведено в интерьере собора одно из главных мест. Они расположены сплошным фризом, тянущимся по столбам и нижней части сводов и опоясывающим весь интерьер. Восхвалению Марии посвящена также роспись конхи главного алтаря, где представлены Мария и два коленопреклоненных ангела. Варианты той же темы составляют большие композиции в люнетах: "Собор богородицы", "О тебе радуется" и "Покров богородицы".
Изображение Страшного суда на западной стене, заменившее обычное в богородичных храмах "Успение Марии", в этом контексте воспринимается как гимн богоматери - заступнице за людей перед Христом. Таким образом, во всех четырех изображениях прославляется Мария в различных смысловых аспектах этого образа, о которых поется в Акафисте: на южной - как родившая Христа; на западной - как посредница между богом и родом человеческим; на северной - как царица мира, и, наконец, на восточной - как покровительница русской земли.