В законодательстве Констанция встречаются и некоторые постановления, следующие, по всей видимости, духу новой морали и несколько смягчающие жестокость прежнего судопроизводства и тюремной системы. Так, цезарь распорядился, чтобы лица, заподозренные в преступлении и находящиеся под стражей, были допрошены в течение месяца, он также запретил содержание в одних камерах мужчин и женщин, что, очевидно, практиковалось до сих пор.
Однако религиозные представления императора отличались некоторыми странностями, поскольку Аммиан — язычник, но не враг христианства — упрекает цезаря, что тот «христианскую веру, простую и понятную, сочетал с предрассудками, будто старая баба». И далее историк обвиняет правителя, что тот своей излишне запутанной церковной политикой породил многочисленные разногласия в христианском сообществе, а государственная почта постоянно возит по империи толпы епископов, слишком часто собираемых на синоды с целью восстановления единства церкви, но — весьма образно и злорадно добавляет автор — только того и достиг, что почтовые лошади надорвались.
Советником Констанция в делах Церкви был епископ из Никомедии Евсевий, сторонник арианства. По воле императора он стал пастырем Константинополя после удаления оттуда епископа Павла, но бывал там редко и долго не задерживался, постоянным же местом его пребывания была Антиохия. Евсевий играл ведущую роль среди епископов Востока благодаря своему образованию, таланту политика и близости ко двору. В спорных богословских вопросах он придерживался середины между строгим следованием никейским постановлениям и доктриной Ария, хотя последней явно симпатизировал. Он последовательно требовал строгого выполнения решения соборов и, несмотря на свое огромное влияние, никогда не искал выгоды для себя лично или привилегий для своей столицы. Евсевий также постоянно подчеркивал принцип равенства и сотрудничества всех епископов, отвергая чье-либо превосходство. Подобные отношения старался он выстраивать и со светскими властями, с одной стороны, избегая пассивного им подчинения, с другой — не пытаясь построить государство в государстве. А тем временем продолжался конфликт вокруг личности и методов деятельности Анастасия, вернувшегося в Александрию вскоре после смерти Константина Великого. Анастасия поддерживало большинство местных епископов. Ему удалось также заполучить в Александрию — правда, всего на три дня — знаменитого отшельника — старца Антония, десятилетиями жившего в горах Аравийской пустыни и уже при жизни почитаемого святым. Но синод епископов в Антиохии отстранил Анастасия от должности, обвиняя его в самоуправстве как в делах церковных, так и в отношениях светской власти; его место занял в 339 г. епископ и ученый Григорий из Каппадокии. Не обошлось без беспорядков, но в конце концов Анастасию пришлось оставить родные места, и после долгих скитаний он добрался до Рима, где епископом тогда был Юлий. Прибыл туда и Марцелл, епископ Анкиры, нынешней Анкары в Турции, изгнанный оттуда в результате спровоцированных им массовых волнений.
Созванный Юлием в Риме синод очистил Анастасия и Марцелла от всех обвинений. В ответ на это в начале января 341 г. в Антиохии, по случаю освещения главного собора, собрался другой синод. Председательствовал на нем сам Констанций II. Собравшиеся осудили Анастасия за еретическое, по их мнению, учение Марцелла и приняли новую редакцию Символа Веры, компромиссную в спорных вопросах. Несколько месяцев спустя Евсевий умер.
Тут же начались раздоры и борьба за опустевший епископский престол в Константинополе. Туда немедленно возвратился прежний пастырь — Павел, но епископы соседних городов избрали пресвитера Македония. Сторонники обоих конкурентов сражались друг с другом на улицах, в церквах, у самых алтарей, было много раненых и убитых. Зиму 341/342 гг. Констанций как всегда проводил в Антиохии. Он велел командиру кавалерии Гермогену навести порядок. Солдаты вытащили Павла из церкви, но толпа отбила епископа и подожгла дом, где располагался Гермоген, а его самого, спасавшегося бегством, разорвала в клочья. Узнав об этом, Констанций покинул Антиохию и быстрым маршем двинулся на Босфор. Народ встречал его плачем и мольбами о прощении, сознавая, какое преступление совершил. Император проявил максимум понимания, наказав жителей только сокращением вдвое поставок египетского зерна. Однако Павел должен был немедленно покинуть город, а избрание Македония цезарь не утвердил. В течение 10 лет в Константинополе вообще не было епископа.