Размеры территории нашей базы исключали возможность достижения достаточной глубины всей оборонительной системы, но позволяли создать значительную плотность обороны. На полуострове к началу войны находилась 8‑я стрелковая бригада под командованием полковника Н. П. Симоняка, усиленная артиллерийским полком, зенитным артиллерийским дивизионом, танковым и саперным батальонами, а также батальоном связи. Сектор береговой обороны располагал несколькими железнодорожными и стационарными батареями с орудиями калибром от 305 до 45 мм. Противовоздушная оборона базы состояла из двенадцати 76‑м м батарей и авиаэскадрильи (11 самолетов И‑153 и И‑15). В непосредственном подчинении базы находились три сторожевых катера МО‑4 и несколько малых катеров. Общая численность гарнизона базы составляла 25 300 человек.
В соответствии с планом «Барбаросса», захват Ханко представлялся как особая задача сухопутных войск Финляндии, для выполнения которой была создана ударная группа «Ханко».
События в Ханко стали разворачиваться сразу же после начала «Барбароссы». С 22 июня по 25 июня, до вступления в войну Финляндии, боевые действия против Ханко вела Германия. Ее военно-воздушные силы бомбардировали Ханко уже 22 июня вечером в 22.30 (в налете участвовало 20 самолетов) и во второй половине дня 23 июня (30 самолетов), тогда как финны лишь наблюдали за происходившим со стороны. Аналогичной активностью в период так называемого «трехдневного нейтралитета» Финляндии (22–25 июня) отличались вокруг Ханко и немецкие военно-морские силы. Оба отряда германских торпедных катеров каждую ночь бороздили воды Финского залива, совершенно не принимая во внимание дипломатическое положение Финляндии.
День 25 июня начался воздушными налетами советской авиации на аэродромы Финляндии, в районе Ханко началась первая артиллерийская дуэль.
А уже 1 июля база подверглась первому сухопутному штурму, но нападающие были отброшены в исходное положение и понесли большие потери. На протяжении долгого времени финны неоднократно, но так же безуспешно пытались различными способами прорвать фронт обороны Ханко, а войска вермахта – овладеть островом Осмуссаар.
В эти дни в Ленинград было эвакуировано все гражданское население. Для укрепления обороны базы были созданы два боевых участка, произведены минные постановки. Всего катерами и вспомогательными судами базы было выставлено 367 мин. Одновременно катера «малые охотники», несшие дозор, осуществляли противолодочную оборону на подходных фарватерах к Ханко.
Для расширения обороны Ханко были успешно высажены морские десанты под командованием капитана Б. М. Гранина, занявшие 18 соседних с полуостровом островов. Таким образом, гарнизон полуострова не только оборонялся, но и сам переходил в наступления, отвоевывая у противника все новые и новые острова. Важную роль в обороне Ханко сыграла авиация этой военно-морской базы. В исключительно трудных условиях она поддерживала действия войск и высадку десантов, вела разведку, наносила удары по кораблям, батареям и аэродромам противника. В период с 22 июня по 28 августа авиация военно-морской базы уничтожила 24 вражеских самолетов, не имея потерь. Большую помощь гарнизону Ханко постоянно оказывала также и авиация Балтийского флота.
28 августа 1941 года советские войска покинули Таллин. Это, а также приближающаяся зима, сильно изменили обстановку на Ханко. Во-первых, теряла значение Центральная минно-артиллерийская позиция, закрывавшая вход в Финский залив, ради которой в свое время и создавалась ВМБ Ханко. Во-вторых, из-за ледостава сухопутная оборона Ханко могла стать круговой, так как военно-морская база потеряла бы связь с Балтийским флотом. В связи с этими причинами, а также нецелесообразностью в сложившей обстановке оборонять Финский залив, Ставка Верховного Главнокомандования приняла решение об эвакуации гарнизона Ханко.
Битва за Ханко длилась 164 дня. Эвакуация базы проводилась с 26 октября по 2 декабря 1941 года кораблями Балтийского флота в условиях штормов, ледового покрова и большой минной опасности при активном противодействии противника производилась эвакуация базы в Ленинград. К 5 декабря в Ленинград и Кронштадт было доставлено свыше 22 тысяч человек с вооружением и боевой техникой.
Сегодня историки единодушно признают, что в тех сложнейших условиях эвакуация войск с Ханко была произведена весьма умело и успешно, а прибывшие на поддержку Ленинграда закаленные в боях ханковцы внесли свою весомую лепту в оборону города на Неве.