На Западе католицизм оборонялся более стойко, особенно в церковных владениях. В Кёльне и других рейнских городах католицизм никогда не подвергался серьезной угрозе. Зато в Вестфалии Реформация одержала сравнительно легкую победу в Дортмунде, а позже в Зосте, хотя последний в какой-то степени был привержен прежней вере. В 1531 г. реформаторы утвердились в Мюнстере, несмотря на сопротивление епископа. Верх там одержали анабаптисты из Нидерландов, которые устроили в Мюнстере «царство Христово» «двенадцати апостолов пророка Матиса», место которого после его смерти занял Иоанн Лейденский. В городе на год утвердилось теократическое правление, и Мюнстер на время стал ареной бесчисленных религиозно-фанатических выходок. После этого город был взят войсками мюнстерского архиепископа, и в нем восстановили католицизм. Этот знаменитый эпизод не остался без последствий для Ганзы. Страх, который он породил, помог поддержать или восстановить патрицианский режим в других городах и ускорил крах демократического правительства Любека.
В саксонских и вендских городах Реформацию распространял Бугенхаген, ученик и друг Лютера. Он покинул Виттенберг, чтобы устроить новую церковь сначала в городе Брауншвейге (1528), затем в Гамбурге (1529), Любеке (1531), Померании, Дании (1537) и, наконец, в герцогстве Брауншвейг.
Почти во всех городах религиозная реформа сопровождалась политическими и социальными изменениями. Средний класс воспользовался возможностью, чтобы ограничить и контролировать влияние городских советов. Оппозиция обычно действовала через комиссию, в которую входило от 40 до 60 членов. Ее поддерживало более многолюдное собрание, избираемое лютеранскими приходами. Уже в 1524 г. такую комиссию, состоящую из 40 человек, создали в Висмаре; ее власть в основном распространялась на финансовую сферу. В комиссию включили 23 нечленов гильдии, в том числе 8 пивоваров, судовладелец, купец, мельник и еще 11 человек, которых называли просто «бюргерами». Из 20 членов гильдий в комиссию входили розничные торговцы, ткачи, кузнецы, пекари и четыре государственных служащих. Судя по этим цифрам, революционное движение в основном ограничивалось гильдиями. Подобно конфликтам XIV–XV вв., к борьбе против патрициев примкнули некоторые купцы. Примерно такой же состав был и в комиссии Ростока 1533–1535 гг., куда вошло 64 человека. В ней состояли 10 пивоваров и по крайней мере 5 купцов, причем некоторые из них были родственниками членов городского совета. Если же распределить их по семи классам налогоплательщиков, 12 членов комиссии принадлежали к первым трем классам, 41 – к четвертому и пятому, и 10 – к двум последним.
В Бремене религиозные перемены носили более радикальный характер. Возможно, из-за своей враждебности по отношению к архиепископу, феодальному правителю города, городской совет благосклоннее отнесся к лютеранству. Несмотря на это, уже в 1526 г. реформаторы требовали политических преобразований, а пять лет спустя городской совет вынужден был работать вместе с «комиссией сорока», которую позже заменила «комиссия шестидесяти четырех», избранных приходами. Почти все советники бежали из города, когда революционеры выказали откровенную враждебность по отношению к крупным купцам. Новая власть ограничила экспорт зерна отдельными гражданами 10 ластами (5 ластами, если речь шла о Португалии). Участие всех иностранцев в экспорте зерна и леса было запрещено. Тем временем архиепископ объединился со ссыльными ив 1534 г. напал на город, который вскоре сдался. Две комиссии распустили, их главу казнили. В городе восстановили власть городского совета, а гильдии признали недействительными. И все же, несмотря на все это, восстановить католицизм не удалось.
Распространение Реформации и даже общественные волнения, вызванные ею, не представляли реальной угрозы для Ганзы. Но как и в начале предыдущего века, события в Любеке, повлиявшие на международную политику города, привели к кризису в Ганзейском союзе.