Четырьмя годами позже, в 1974 году Владыка столь же твёрдо противостал попыткам местных властей запретить верующим приводить в храм детей:
За свои труды по укреплению веры и Церкви владыка Иоанн быстро попал в список «неблагонадёжных архиереев». С тех пор он находился под постоянным присмотром «компетентных органов», а проще сказать — тех подразделений КГБ СССР, которые отвечали в Советском Союзе за борьбу с Русской Православной Церковью.
Одновременно с пастырскими трудами не оставлял владыка свою научную и педагогическую деятельность. В 1966 году он был удостоен учёной степени магистра богословия, а в 1988 году, за цикл лекций по истории Русской Православной Церкви, прочитанных в Ленинградской духовной академии, получил звание доктора церковной истории…
Наконец, летом 1990 года он был назначен митрополитом в Ленинград, а с 25 сентября 1991 года, в связи с переименованием города, стал именоваться митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским. Здесь-то и раскрылся в полной мере его талант публициста и проповедника, отсюда, с берегов Невы, и зазвучали его пламенные проповеди, обратившие к вере отцов великое множество заблудших русских душ…
Помимо публицистической деятельности, сделавшей смиренного архипастыря знаменитым на всю страну, митрополит Иоанн — к тому времени уже тяжело, смертельно больной — продолжал нести множество других важных церковных послушаний. С февраля 1992 года он назначен председателем Синодальной богослужебной комиссии, где под его руководством были подготовлены тропари и кондаки Собору новомучеников и исповедников Российских, преподобным Кириллу и Марии Радонежским, святителю Филарету (Дроздову), священномученикам Иоанну Кочурову и Александру Хотовицкому, преподобному Варнаве Гефсиманскому и многим другим угодникам Божиим…
В личной жизни митрополит был абсолютным бессребреником. Даже простенькая мебель, стоявшая в его келье, была сделана им собственными руками. Для неимущих пенсионеров архипастырь открыл пекарню, где они бесплатно получали хлеб. При архиерейском доме была создана пошивочная мастерская, где специально обученные мастерицы шили церковные облачения, которые затем раздавали батюшкам в бедные приходы.
Особо стоит упомянуть и о той области деятельности митрополита Иоанна, которая все эти годы оставалась как-то в тени, — о его трудах на ниве церковного строительства. Громкая слава «Русского златоуста» отодвинула на второй план его постоянную и кропотливую деятельность по возрождению церковной жизни Санкт-Петербургской епархии.