За те пять лет, что Владыка возглавлял Петербургскую кафедру, были возрождены к жизни многие десятки храмов и построены новые. А сколько труда вложил он в дело возвращения Церкви её знаменитых святынь! Одна лишь битва за Казанский собор, в котором располагался музей атеизма (категорически отказывавшийся переезжать), чего стоит...
Отдельного упоминания заслуживает Александро-Невская Лавра. Именно митрополита Иоанна надлежит нам благодарить за то, что эта святыня возвращена православным. Возвращена вопреки всему: неприязни городских властей, козням недоброжелателей, организационным препятствиям и денежным сложностям. К сожалению, сам Владыка не дожил до этого светлого момента...
В последний год жизни митрополит Иоанн всё чаще и чаще стал задумываться о приближающейся смерти.
Кончина митрополита Иоанна 2 ноября 1995 года стала потрясением для многих и многих, в первую очередь для тех, кто, следуя его отеческому зову, вернулся в лоно святой нашей матери — Русской Православной Церкви — из тьмы невежества и атеизма, язычества и богоборчества. Ибо слово его было с властью. Через молитвы святителя Господь и просвещал, и исцелял, и даже откладывал время смерти. После кончины архипастыря люди не перестают свидетельствовать о благодатной помощи Божией через молитвы владыки Иоанна.
Впрочем, первые свидетельства о связанных с ним чудесах начали поступать ещё при жизни петербургского старца. Летом 1971 года Валентина Сергеевна Дюнина, бессменный врач митрополита Иоанна и одновременно его духовная дочь, записывает в своём дневнике:
Следующая запись в дневнике – через неделю, 20 июня:
В 1990 году у тридцатилетнего самарца Виктора Алексеевича Соколова врачи определили газовую гангрену горла и сочли его положение безнадёжным. Мать Виктора пребывала в отчаянии. Узнав через знакомых номер телефона петербургской резиденции митрополита, она бросилась ему звонить. В тот момент Владыка собирался на всенощную, но, как мог, успокоил скорбящую мать и пообещал молиться за умирающего, чтобы трое его малолетних детей не остались сиротами.