Газета Завтра 350 (33 2000)

Вторая копия: профессору Стэнли Б. Прусинеру.

Я, доктор биологических наук, лидер лаборатории теоретического естествознания фирмы "Biocode Ltd" (Тель-Авив, Израиль), прочел Вашу статью, опубликованную в "Nature Structural Biology", VII, с. 580 ("Systematic Circular Permutation Of An Entire Protein Reveals Essential Folding Elements").

Я увидел и убедился в том, что Вы ближе всех иных исследователей подошли к решению проблемы фолдинга белков, которую я решил уже давным-давно. В основе найденного мной решения лежит открытый мной еще в 1969 году Общий Стереохимический Генетический Код (ОСГК), состоящий из 6 частных кодов, и теория фолдинга, функционирования и эволюции биополимеров, согласно этому коду.

I частный код — это всем хорошо известные правила Чаргаффа-Уотсона-Крика, определющие построения трехмерных молекул биологических полинуклеотидов; II частный код — известный генетический код; III частный код детерминирует фолдинг биополипептидов по ходу их биосинтеза в клетках; IV частный код детерминирует преобразование промежуточных (возбужденных) трехмерных молекул, построенных согласно третьему частному коду, что означает переход этих молекул из возбужденного в основное состояние, известное всем как нативное, устанавливаемое при помощи РСА или ЯМР анализов; V частный код детерминирует узнавание ДНК и РНК, кодирующих данный биологический полипептид и находящихся в возбужденном (крестообразном) состоянии, соответствующими биополипептидами, также находящимися в возбужденном состоянии; VI частный код детерминирует переход этих комплексов, находящихся в возбужденном состоянии, в конечное основное, нативное состояние.

Кратко основы этой теории изложены в журнале "Природа", издание РАН РФ №5, 1993 год, сс.28-70. В ней доказано, что ключ к центральной проблеме современной биологии — проблеме формирования трехмерных молекул белков — стереохимическая комплементарность аминокислотных остатков, кодируемых кодоном и антикодоном соответственно — один из шести частных кодов ОСГК. Разработана теория самоорганизации и функционирования трехмерных молекул пептидов, полипептидов и белков, согласно ОСГК. Ее применение иллюстрируется примерами построения моделей "промежуточных" (возбужденных) и "нативных" (основных) молекул тахиплезина, полипептида SH3 и репрессора cro фага l, полностью соответствующих результатам их физико-химического анализа, ЯМР-спектроскопиии и РСА. Демонстрируются возможности проектирования пептидных вакцин и разнообразных лекарств, исходя из данной теории.

Заявку на патент, согласно этому фолдингу, я подал в Израиле 27 января 1997 года, №120077. Однако в этой заявке изложена реализация только 1-й стадии процесса: формирования промежуточных структур биополипептидов по ходу их биосинтеза в клетках. Эта стадия реализуется согласно III частному коду ОСГК, о чем подробно рассказывается в упомянутой выше статье.

Вторая стадия этого процесса, которая пока не запатентована, — тоже ключевая. Она реализуется согласно IV частному коду ОСГК. В результате ее реализации модель трехмерной промежуточной возбужденной структуры данного биополипептида превращается в точную копию модели, которую получают в результате РСА или ЯМР-анализа.

Мое авторство в открытии III частного кода признано американцами. Например, в статье И. Чайкен, опубликованной в "PNAS USA" в 1990-м году; в статье Р. С. Рут-Бернштейна, опубликованной в "Journal Of Theoretical Biology" в 90-х годах; в патенте Е. Блалок на использование открытого мною III частного кода и открытого им в 1984 году, однако без ссылки на меня (в последующих патентах он меня цитирует).

Верность разработанной мной упомянутой выше теории фолдинга я подтвердил в пяти независимых слепых тестах:

— в Москве перед Комиссией АН СССР, о чем рассказано в упомянутом выше журнале "Природа";

— в Лаборатории структурной биологии Института Вейцмана (Реховот), где тест проводили временные сотрудники этого института Лидия Масюк и Евгений (?), составившие имеющиеся письменные протоколы этих слепых тестов;

— в Иерусалимском университете слепое тестирование проводил проф. А. Гольдблюм (тел.: 972-2-5758701 (?)) в присутствии бывшего посла Израиля в России г-на Арье Левина (дом. тел.: 972-2-5634473);

— профессором Отдела биологии клеток Тель-авивского университета Дж. Гершони (тел.: 972-3-6409011);