Роман начинается с одного из самых чёрных событий нашей новейшей истории — с гибели подводной лодки. В страшные дни неизвестности, неопределённости казалось, что толща морской воды давит не только на затонувшую лодку, но и на всю Россию. Сама страна уподобилась крейсеру, получившему огромную пробоину. Каждый новый вздох давался с величайшим трудом, хотелось, находясь на берегу, задержать дыхание, сберечь в мироздании как можно больше воздуха, чтобы там, в спасительных отсеках, его хватило морякам до заветного избавления. В любом звуке на земле — в дожде, бьющем о стекло, плаче ребенка, ходе часов — мерещилось "спасите наши души". Из всех зеркал, как сквозь могильную плиту воды, на тебя взирал уже смирившийся с Божьей волей мученик, в ответ на свои сигналы SOS услышавший тихую поступь Спасителя.
В "Крейсеровой сонате" подводная лодка именуется "Москвой". Это не просто боевая машина, направляющаяся с секретным заданием в акваторию противника. Это храм, монастырь, где экипаж — братия, молящаяся за Отечество: "Наш Бог — это Родина. Мы, мужчины, облачённые в чёрную форму подводников, — монахи и воины России". Град подводный идёт на заклание, чтобы искупить грехи града земного. Крейсер принимает на себя адский удар, заслоняет собой всю Россию и, погибнув, становится ковчегом спасения. Подводная "Москва" идёт на дно ради того, чтобы Москва земная просияла, как всплывший со дна озера град Китеж.
Но град земной настолько впитал в себя тьму, что свет подвига не может окончательно её развеять. Необходим посланец, вестник, что придёт из "вод многих" со словом, подобным огненному мечу Архангела.
Главный герой романа — подводник-акустик Плужников — пахарь, что возделывает не пашню плодородную, а глубины морские. Плужников — очарованный странник. Он заступает на вахту, словно отправляется в паломничество, погружается на лодке в воду, будто каждый раз принимает крещение. Он ищет в водном пространстве землю обетованную, ищет себя самого, вопрошая у небес: "Кто я?".