В результате эта странная система контрразведки потерпела фиаско. Что же произошло? При царском правительстве ещё до войны все основные ключевые должности в русской контрразведке занимали офицеры Отдельного корпуса жандармов, которые приобрели опыт в охранных отделениях. Первым контрразведчиком в 1903 году стал ротмистр Лавров, который до этого был начальником Тифлисского охранного отделения. Заместители их были также сотрудниками Департамента полиции. Более того, всю службу наружного наблюдения составляли никто иные, как филеры охранных отделений. Теперь же все они, согласно декрету Временного правительства, подлежали увольнению и, в лучшем случае — призыву в армию на рядовые должности, в худшем — их просто физически уничтожали. Точно так же Временным правительством была уничтожена армия. Таким образом, Керенский развалил всю систему, и его попросту стало некому защищать.
Большевики пришли на "всё готовое" — органов обеспечения безопасности нет, постоянной армии нет, а противники новой власти есть. И что-то надо с ними делать…
Сразу же после учреждения Военно-следственная комиссия провела ряд серьезных мероприятий. Уже в октябре 1917 года произошло юнкерское восстание. Были своевременно нейтрализованы основные очаги этого восстания, многие юнкера были арестованы (с ними ничего не сделали, потом многих даже выпустили по просьбе родителей). Но, тем не менее, расследование проводила именно Военно-следственная комиссия. Она же выявила монархическую подпольную организацию Пуришкевича, расследовала первое покушение на Ленина.