Все это время Военно-следственная комиссия существовала в составе Военно-революционного комитета (ВРК). С начала ноября начал функционировать Совет народных комиссаров во главе с Лениным. В ВРК Ленина не было. Получалось, что есть аппарат Совета народных комиссаров и сами народные комиссары, и есть другой аппарат, у которого реальная власть — комиссары, работающие во всех воинских частях и на всех предприятиях. В его власти были и органы снабжения продовольствием, и органы снабжения оружием, и транспортные органы, и Военно-следственная комиссия. Председателем Всероссийского центрального исполнительного комитета был Свердлов, в его ведении было и общее руководство Военно-революционным комитетом и, соответственно, Военно-следственной комиссией. Раньше, в советской историографии, это не подчеркивалось, но 5 декабря по старому стилю, после нежелания отдать ряд функций ВРК Ленину, Совнарком принял решение воздержаться от дальнейшего финансирования Военно-революционного комитета. Параллельно была распущена Военно-следственная комиссия, несмотря на ряд больших успехов. Зачем это было сделано? Некоторые историки, в том числе американский историк Александр Рабинович, говорят, что всё это было подготовлено для создания ВЧК, чтобы не допустить конкурента в лице левых эсеров к такому аппарату, который будет потом всех давить.
Однако я рассматривал этот вопрос и пришел к выводу, что такая задача при создании ВЧК не ставилась. Более того, когда был рассмотрен проект Дзержинского о создании ВЧК 7 декабря на заседании Совнаркома, то было принято решение сформировать эту комиссию. Дзержинский предложил туда несколько человек, включая, кстати говоря, Серго Орджоникидзе, который, правда, туда реально не вошел. Там не было ни одного эсера. Но спустя несколько дней СНК всё же принимает решение, что на паритетных началах надо включить туда и левых эсеров. 10 января (по старому стилю) 1918 года группа из пяти левых эсеров входит в руководство ВЧК, а первым заместителем Дзержинского становится Александрович, на которого падает вся оперативная работа.
Таким образом, мнение о том, что большевики с самого начала хотели применить террор и не допускали никакую другую партию к власти, не подтверждается. Доверительное отношение к эсерам длилось вплоть до их восстания в июле 1918 года.