Казалось бы, что начавшаяся война должна была обострить противоречия между государством и церковью. Однако именно этого и не произошло. Складывавшиеся веками национальные и патриотические корни русского православия оказались сильнее предубеждений. И патриотическая деятельность Русской Православной Церкви в годы войны явилась не только заметной, но существенно необходимой, выражала естественные чувства принадлежности граждан к Родине и ~реализовывалась по многим направлениям. Русская Православная Церковь воспитывала в верующих мужество и самоотверженность, поощряя ревностное участие в боевых операциях на фронте и в партизанских отрядах; требовала полной самоотдачи от трудившихся в тылу; призывала верующих на временно оккупированных врагом территориях к стойкости и сопротивлению; оказывала материальную помощь Красной Армии (сбор средств на авиационную эскадрилью имени Александра Невского, танковую колонну имени Дмитрия Донского, в Фонд обороны, на подарки бойцам и многое другое); проявляла заботу о раненых, инвалидах, вдовах и детях-сиротах.
Уже 22 июня 1941 года митрополит Сергий обратился к верующим с посланием «Пастырям и пасомым Христианской Православной церкви». Сергий выступил в Богоявленском соборе с обращением к народу:
«Фашиствующие разбойники напали на нашу Родину... Повторяются времена Батыя, немецких рыцарей, Карла шведского, Наполеона. Жалкие потомки врагов православного христианства хотят еще раз попытаться поставить народ наш на колени перед неправдой... С Божией помощью и на сей раз он развеет в прах фашистскую вражескую силу... Вспомним святых вождей русского народа, например Александра Невского, Дмитрия Донского, полагавших свои души за народ и Родину... Вспомним неисчислимые тысячи простых православных воинов... Православная наша Церковь всегда разделяла судьбу народа. Вместе с ним она и испытания несла, и утешалась его успехами. Не оставит она народа своего и теперь... Нам, пастырям Церкви, в такое время, когда Отечество призывает всех на подвиг, недостойно будет лишь молчаливо посматривать на то, что кругом делается, малодушного не ободрить, огорченного не утешить, колеблющемуся не напомнить о долге и о воле Божией. А если, сверх того, молчаливость пастыря, его некасательство к переживаемому паствой объяснится еще и лукавыми соображениями насчет возможных выгод на той стороне границы, то это будет прямая измена Родине и своему пастырскому долгу... Положим же души свои вместе с нашей паствой... Церковь Христова благословляет всех православных на защиту священных границ нашей Родины. Господь нам дарует победу». (329)
С аналогичным посланием к пастве обратился 26 июня митрополит Ленинградский Алексий (будущий патриарх Московский и всея Руси). Оба иерарха, не задумываясь о последствиях, фактически нарушили закон, который строго запрещал вмешательство церкви в дела государства. За годы войны Патриарший Местоблюститель обращался к верующим с патриотическими возваниями свыше 20 раз, откликаясь на все основные события в военной жизни страны.
Важной стороной деятельности Русской Православной Церкви во благо Родины явилась забота о повышении боевой мощи Красной Армии. 30 декабря 1942 года митрополит Сергий, призвав духовенство и верующих к сбору средств на строительство танковой колонны, обратился с телеграммой к Сталину, в которой высказал просьбу об открытии банковского счета для зачисления пожертвований на колонну имени Дмитрия Донского. В ответной телеграмме председатель Государственного комитета обороны дал на это согласие. Такая, вроде бы неожиданная, перемена отношения к Русской Православной Церкви со стороны властей была не случайной. Патриотическая деятельность церкви и ее возросшее в народе влияние были замечены и получили соответствующую политическую оценку.
Война со всей очевидностью показала духовную силу большинства священнослужителей, клира и верующих Русской Православной Церкви.
4 сентября 1943 года состоялась встреча митрополитов Сергия (Страгородского), Алексия (Симанского) и Николая (Ярушевича) со Сталиным. С утра следующего дня НКГБ СССР по приказу Сталина выделил в распоряжение митрополита Сергия автомашину с шофером и горючим. Один день потребовался НКГБ для приведения в порядок особняка, отданного патриархии, и 7 сентября митрополит Сергий со своим небольшим штатом переселился в Чистый переулок. И уже на одиннадцать часов следующего дня было назначено открытие Собора епископов и возведение митрополита Сергия в сан Патриарха.