Убежденный таким образом, Гелен вернулся к работе над планом «Барбаросса». В Оперативном управлении он был назначен главой специальной Восточной группы, а также стал одним из тех немногих, кто получил крайне секретную директиву Гитлера под номером 18. Было распространено всего девять копий этого документа, в котором оговаривалось, что подготовка к нападению на Россию должна быть завершена к 15 мая следующего года. Здесь же излагались следующие «общие намерения»: «Ядро Красной Армии, сосредоточенное на западе России, будет уничтожено в ходе дерзких боевых операций, в авангарде которых пойдет бронетехника. Оставшиеся части Красной Армии, еще способные оказывать сопротивление, не смогут отойти назад, в глубь страны.
Окончательная цель — отгородиться от азиатской части России по линии Волга — Архангельск. Последние уцелевшие промышленные районы на Урале в случае необходимости могут быть уничтожены с воздуха».
Заявив, что Германия может рассчитывать на поддержку Румынии и Финляндии, Гитлер вкратце рассказал о своем видении главных операций: нанести удар по Ленинграду и уничтожить все советские войска в районе Балтийского моря; предполагалось также вторжение из Польши «бронетанковых и моторизованных соединений через Белоруссию с целью быстрого захвата Москвы». Кроме того, планировалась переброска подразделений немецкой армии из польского Люблина на Украину для взятия Киева, а затем дальнейшая их переброска в Донецкий угольный бассейн. В этой директиве также упоминалось, что дальнейшие, более подробные планы операций должны разрабатываться на ее основе.
Гелен работал не покладая рук, желая выполнить все требования фюрера. Хойзингер набрал специальный штат для выполнения этой исторической задачи. Генерал-лейтенант фон Грольман осуществлял общее руководство, кроме того, в его обязанности входило следить за своевременностью исполнения стратегических разработок. Майор Гельмут Штифф возглавлял отдел картографии, а майор фон Франкенберг решал все административные вопросы. Гелен также предложил сформировать под руководством майора Гергольца секретную группу для сбора и обработки разведданных, в результате чего абвер — военная разведка Канариса — практически оказался не у дел. Гелен сам подобрал небольшой штат помощников, в основном из молодых офицеров. В его группу входили капитаны Брандт, Филиппи и Цирфо-гель, старший лейтенант Барневиц и лейтенант барон фон Фирке. Он не доверял должностным лицам, заглядывающим ему через плечо; как мы увидим в дальнейшем, этот подход волка-одиночки впоследствии станет характерным для его работы.
С невероятной скоростью он разрабатывал подробные планы и объемные документы с картами и диаграммами. В записках Гальдера говорится, что подготовительная работа началась во второй половине января (возможно, точная дата — 20 января), а к 28 января у Гелена уже был готов обширный план под названием «Проект транспортного и материального обеспечения операции «Барбаросса», на котором Гальдер сделал заметку на полях: «Отличная работа!».
2 февраля Гелен вылетел в Бухарест на совещание с румынскими военными. Разработанный им план содержал призыв к румынским властям поддержать немецкую армию, которой предстояло вести боевые действия на Украине. Румынам предложили занять территорию в низовьях реки Прут, а затем соединиться с немецкими союзниками на Днестре. Гелен не стал посвящать их в детали, так как не был уверен, насколько можно им доверять. Вернувшись назад в свою штаб-квартиру, он тотчас принялся за составление окончательного плана Балканской кампании. 17 февраля у него уже были готовы улучшенный вариант «Мариты», а также наброски нового плана вторжения в Турцию.
В марте и апреле он и его сотрудники работали совместно с аналитиками 12-го отдела Генерального штаба, которые занимались вопросами материального снабжения, с тем чтобы расставить последние точки над «і» в плане «Барбаросса». Гелен не стал показывать свою радость по поводу событий в Греции и Югославии, ведь это была не более чем прелюдия к вторжению в Россию, о котором он так долго мечтал. Еще в одном молниеносном броске гитлеровские танковые дивизии через Венгрию и Румынию ворвались в самое сердце Балкан. Операция «Марита» была выполнена безупречно. Белград превратился в груду дымящихся развалин, под которыми погибли 17 тысяч ни в чем не повинных мирных жителей. Греки попытались оказать сопротивление — Гелен их даже за это по-своему зауважал, — правда, сопротивляться им осталось совсем недолго — еще немного, и Греция тоже будет поставлена на колени.