Вернувшись в Донскую область, Добровольческая армия столкнулась здесь с серьезно изменившейся обстановкой. Восстания низовых станиц привели к «полному освобождению Дона от большевизма», а Круг Спасения Дона избрал нового атамана — генерала от кавалерии П.Н. Краснова. Штаб Алексеева располагался в Егорлыкской, там же сосредоточился обоз. Казалось, что перед армией открывались долгожданные перспективы продолжения борьбы, начатой «Ледяным походом».
Подобное «пробуждение казачества» можно было только приветствовать, если бы не взаимодействие атамана Краснова с немецким оккупационным командованием, открытое заявление суверенитета Всевеликого войска Донского и формирование частей Донской армии, при котором казачьи офицеры, воевавшие в составе Добровольческой армии, должны были перейти в ряды донских казачьих полков. Краснов выступил с инициативой проведения встречи с командованием Добрармии, во время которой следовало обсудить вопросы дальнейшего взаимодействия.
В отношении к создавшемуся политическому положению на Дону позиция Алексеева должна была быть достаточно гибкой. Основой для сотрудничества с донскими политиками и военными, заложенного еще при атамане Каледине, было твердое соблюдение принципа возрождения Российской государственности, сохранения «Единой, Неделимой России» при условии, вместе с тем, признания казачьей автономии. Еще 22 апреля 1918 г. генералом Алексеевым был составлен особый «наказ» для «миссии» генерал-майора В.Н. Кислякова, определявший основы соглашения с Доном. Не отрицая важности того, «чтобы на Дону скорее сорганизовалась законно избранная и полномочная власть», Алексеев полагал необходимым «вступить с этой властью в скорейшее соглашение». При этом заявлялось, что «Добрармия, не связанная частными интересами с той или другой областью, преследует общегосударственные интересы и поэтому является лучшим связующим звеном для всех элементов, ведущих борьбу с большевизмом. Руководство Добрармии представляется естественным, полезным и необходимым». По мнению Алексеева, подписание соглашения с Доном (но аналогии с Кубанью) облегчило бы «как выполнение общегосударственной задачи, так и постановку частных стратегических задач».
15 мая 1918 г. при посредничестве генерала Кислякова состоялась встреча Деникина, Алексеева, Романовского, кубанского атамана Филимонова с атаманом Красновым в станице Манычской. Для Алексеева встреча была тем более важной, что он смог заодно повстречаться с женой и дочерьми, приехавшими в станицу одновременно с атаманом Красновым. Встреча с семьей была радушной и трогательной, несмотря на то, что генералу почти все время приходилось лежать — давало знать обострение болезни. В конце мая Алексеев выехал в Новочеркасск, формально для лечения, но уже с 1 июня принимал посетителей, присутствовал на заседаниях Донского правительства.
Генерал жил в гостинице, где вместе с ним работали офицеры Военно-политического отдела, исподволь собиравшие для штаба Добрармии сведения о событиях, происходящих на Дону и в соседних областях. В Ростове в это время открылось официальное отделение «Белого Креста»; проводившего сбор пожертвований в пользу Добровольческой армии, а для прибывшего на Дон отряда полковника М.Г. Дроздовского «Белый Крест» устроил благотворительную «чашку чая». Подобное местонахождение, организованное по указанию атамана Краснова, не продолжалось, однако, долго и было «беспокойным», если учесть, что по соседству, в той же гостинице, разместились немецкие офицеры из штаба корпуса генерала Кохенгаузена, и в середине июля генерал снова вернулся на Кубань — к Добровольческой армии{116}.
Встреча в Манычской не принесла каких-либо значительных конкретных результатов, за исключением соглашения о поставке снарядов и патронов в Добрармию. В письме Милюкову от 25 мая Алексеев перечислил итоги совместного заседания: «…в Манычской с генералом Красновым по самым существенным вопросам договориться не удалось: а) средствами оно (войско) якобы обеспечить нас не может; разве допустит роскошь “вспомоществования” в размере не свыше 1/3 части расходов, б) по занятии немцами Батайска, готов часть своих сил предоставить временно в распоряжение Добровольческой армии для выполнения пока частных задач, вытекающих из общей идеи борьбы с большевиками, в) атаман отказывается от стремления руководить Добровольческой армией, ставить ей цели, а будет сообразовываться с общей обстановкой и вырабатывать совместно способы действий, г) временно, до создания Донской армии, атаман без содействия Д. армии на Дону, в частности, в Новочеркасске, обойтись не может, просит оставить в его распоряжении бригаду Дроздовского, хотя не имеет возражений против замены се другими частями Добровольческой армии, д) Кубань не может быть предоставлена своим силам, и помощь ей со стороны Дона, но укреплении положения в нем, должна быть оказана».