Вскоре после назначения А. А. Епишеву предстояло возглавить работу аппарата по подготовке нового Положения о политорганах Советской Армии и Военно-Морского Флота, а также Инструкции организациям КПСС в Советской Армии и Военно-Морском Флоте. Прежние документы, утвержденные ЦК КПСС в 1958 г., уже не отвечали времени. В них требовалось отразить положения принятой XXII съездом КПСС Программы партии о партийном руководстве Вооруженными Силами и военным строительством, а также изменения, происшедшие в войсках и на флотах. Работа велась активно, с участием большого числа офицеров, генералов. Проекты документов несколько раз обсуждались коллективно в политорганах округов, групп войск, флотов, рассматривались на Бюро Главного политуправления. Строго учитывались рекомендации состоявшегося в 1960 г. IV Всеармейского совещания секретарей партийных организаций, в том числе о переходе армейских и флотских партийных организаций на новую структуру. В частях и на кораблях, где насчитывалось более 75 коммунистов, предлагалось создавать партийные комитеты, в ротах и им равных подразделениях при наличии в них трех и более членов партии — партийные организации на правах цеховых, в подразделениях — партийные группы.
Над документами в ГлавПУ трудились квалифицированные работники всех управлений. Отшлифовывалась каждая формулировка, обсуждались принципиальные положения. Докладывает политорган командиру или информирует его? Что значит опираться и направлять деятельность партийной организации? Каковы границы критики в армии? Казалось бы, простые вопросы, не требующие ныне особых разъяснений. Но в то время по каждому из них высказывались неоднозначные ответы. На заседании Бюро Главного политуправления Алексей Алексеевич обстоятельно, неторопливо излагал свою точку зрения, не навязывая ее другим.
— Направлять работу партийной организации, — подчеркивал он, — это не командовать ею. Это значит быть в гуще коммунистов, своевременно нацеливать их на решение актуальных задач боевой и политической подготовки, создавать в коллективе такие условия, чтобы в полную меру раскрывались активность и творческие способности каждого члена партии.
Оба документа были утверждены Центральным Комитетом партии в январе 1963 г. Они теперь становились законом жизни армейских и флотских коммунистов, деятельности политорганов. Заметно повышалось партийное влияние на боевую учебу личного состава, его политическое, воинское и нравственное воспитание, на рост боевой мощи армии и флота.
В своем выступлении на XXIII съезде КПСС А. А. Епишев отмечал: «В армии и на флоте ведется большая работа по идейному и организационному укреплению партийных организаций как опоры наших командиров. Расширились их связи с беспартийными массами. В Ракетных войсках почти во всех стартовых батареях имеются партийные организации. Окрепли партийные организации Войск ПВО страны, Сухопутных войск, Военно-Воздушных Сил, Военно-Морского Флота, особенно в его подводных силах и на ракетоносных кораблях. Большинство личного состава Вооруженных Сил — коммунисты и комсомольцы»[112]
. На XXIII съезде А. А. Епишев был избран членом Центрального Комитета Коммунистической партии Советского Союза.А жизнь выдвигала новые проблемы. Анализ партийно-политической работы в войсках и на флотах убеждал в необходимости улучшения руководства ими в высшем звене. В то время отсутствовали политические управления видов Вооруженных Сил. Как говорилось, существовали управления по руководству политорганами в видах Вооруженных Сил в составе Главного политического управления. Их начальники являлись заместителями начальника ГлавПУ. Такая структура высшего органа партийного руководства в армии и на флоте была далека от совершенства.
В руководстве партийно-политической работой как бы существовал разрыв. Главнокомандующим видами Вооруженных Сил и их военным советам не на кого было прочно опереться в этой работе. Вопрос обсуждался долго и всесторонне. А. А. Епишев, его заместители пришли к единому мнению: вместе с Министром обороны войти в ЦК партии с предложением о создании политических управлений видов Вооруженных Сил. Сначала создается политическое управление Ракетных войск стратегического назначения, а в сентябре 1967 г. — политические управления Войск ПВО, Военно-воздушных сил, Военно-Морского Флота и политический отдел воздушно-десантных войск. Такая реорганизация способствовала улучшению руководства политорганами и партийными организациями в соединениях, частях и подразделениях, активизировала партийно-политическую работу по повышению боевой готовности, улучшению боевой и политической подготовки личного состава, укреплению дисциплины.
С помощью Главного политуправления руководящие политорганы в видах Вооруженных Сил были созданы быстро и начали работу. Адмирал В. М. Гришанов, который возглавил тогда политическое управление ВМФ, писал впоследствии: «Все отделы сразу же энергично взялись за дело. Наши товарищи проявляли разумную инициативу, их отличал творческий подход к решаемым вопросам...