Каждому человеку хочется видеть результаты своей работы. Партийный работник в этом отношении не составляет исключения. Плоды же его деятельности чаще всего обнаруживаются не сразу и не вдруг. Для реализации тех или иных задумок, проектов требуется время, и порой немалое. И Алексей Алексеевич не раз ловил себя на мысли: как бы хотелось увидеть результаты своей почти двухлетней деятельности в Одессе, убедиться в верности принимаемых решений, во что-то внести поправки. Однако эти надежды не сбылись. О завершении очередного года хозяйством области он узнал, уже будучи в Москве. В августе 1951 г. А. А. Епишев назначается заместителем министра государственной безопасности СССР по кадрам.
Причину нового назначения в ЦК ВКП (б) А. А. Епишеву объяснили кратко: партия усиливает свой контроль за деятельностью органов, нужно улучшать подбор и расстановку кадров. У вас есть немалый опыт кадровой работы. А обстановку вы сами отлично знаете.
Начало 50-х годов вселяло тревогу. Достигла своего зенита «холодная война», развязанная реакционными кругами империализма во главе с США против СССР и других стран социализма. Они открыто взяли курс на подготовку против нас войны «горячей», рассчитывая на безнаказанность, размахивали атомной бомбой, окружали Советский Союз военными базами. Враги социализма резко активизировали деятельность своих разведок, спецслужб, подрывных центров. Шпионаж, диверсии, провокации стали одним из важных средств реализации пресловутой доктрины «отбрасывания коммунизма». Партия наряду с повышением боевой готовности Вооруженных Сил СССР проявляла неустанную заботу о чекистах, совершенствовании их деятельности.
Положение, сложившееся в органах безопасности, в руководстве ими, вызывало озабоченность Центрального Комитета партии. Начало 50-х годов было отмечено рядом так называемых процессов, которые говорили об отступлении от ленинских принципов, о нарушении социалистической законности.
Алексею Алексеевичу в бытность секретарем обкома довелось не раз встречаться со случаями несправедливого обвинения партийных и советских работников. Взять, к примеру, историю с редактором газеты «Черноморская коммуна» И. Колядой. Отдельным авторам, статьи которых не могли попасть на страницы газеты, требовательность редактора оказалась не по душе. И пошли письма без подписи, анонимки, полные вымысла, одно за другим в самые высокие инстанции. Тут же посыпались обвинения И. Коляды «в национализме, связях с врагами народа».
По совету А. А. Епишева бюро обкома создало комиссию для проверки фактов. Работали не спеша, дважды продлевали полномочия комиссии. Потом, через добрый десяток лет, Алексей Алексеевич признается в беседе с Колядой, что это он всячески тормозил дело, задерживал его, чтобы подготовить почву и снять навет. Лишь когда завершилась тщательная проверка, было принято решение, которое подписал лично А. А. Епишев: «Отмести все обвинения, предъявленные И. Коляде в письмах без подписи, как необоснованные и направленные на его дискредитацию как редактора». Секретарь обкома партии также счел возможным дать указание: анонимных писем на И. Коляду не регистрировать, ему не показывать и выбрасывать в корзину. И указание аккуратно исполнялось даже после отъезда Епишева из Одессы на протяжении многих лет. Принимая в те времена такое решение, надо было, как минимум, быть мужественным и решительным, сознавать все возможные последствия.
А. А. Епишеву были, понятно, известны и другие факты грубейшего нарушения социалистической законности, прямого произвола против честных людей. Он понимал всю несправедливость и ошибочность многих преступных акций тех лет, разраставшихся в условиях культа личности Сталина, но он был лишен возможности предпринять что-то реальное.
Потому-то с настороженностью принимал А. А. Епишев дела в Министерстве государственной безопасности, которое в те годы возглавлял С. Д. Игнатьев. Он верил в то, что кадры здесь в основе своей здоровые, но нуждаются в укреплении. Именно с этих позиций он начинал работу, стремясь, чтобы гордое имя чекиста носили лучшие сыны и дочери народа, верные Родине, делу партии. Со временем, однако, Алексей Алексеевич стал замечать, что с некоторыми его рекомендациями не считаются. Отдельные назначения на ответственные должности осуществлялись фактически в обход заместителя министра по кадрам. «По многим признакам чувствовалось: кое-кому я пришелся не ко двору», — говорил впоследствии Алексей Алексеевич, рассказывая о своей работе той поры. Но работать пришлось недолго. В марте 1953 г. началась реорганизация Министерства государственной безопасности. Оно сливалось с Министерством внутренних дел. А. А. Епишев был освобожден от занимаемой должности. И в этом же месяце снова избирается первым секретарем Одесского обкома партии.