Еще в 1930 году под руководством Крисанто Эванхелиста была создана Коммунистическая партия Филиппин, объединившая местных сторонников учения Маркса и Ленина. Спустя два года после создания, в 1932 г., американская администрация Филиппин запретила деятельность коммунистов и партия ушла в подполье. Именно годы подпольной борьбы повлияли, с одной стороны, на радикализацию коммунистической партии, а с другой стороны способствовали кристаллизации ее кадрового состава и появлению профессиональных революционеров, ориентированных исключительно на нелегальную деятельность. В годы Второй мировой войны именно по инициативе Компартии была создана Хукбалахап – Народная антияпонская армия, развернувшая партизанскую борьбу против оккупировавших Филиппины японских войск. Жертвами «хуков», как называли «красных партизан», стало по меньшей мере 25 тысяч человек – пять тысяч японских солдат и офицеров, местные полицейские, коллаборционисты, помещики и предприниматели, представители враждебных политических группировок.
Провозглашение независимости Филиппин в 1946 году не успокоило радикальную часть коммунистов, которая окрестила правительство страны проамериканским и продолжила партизанскую войну в рядах созданной Армии освобождения народа. В 1948 году Коммунистическая партия Филиппин вновь перешла в подполье после официального запрета ее деятельности. Одновременно власти, развернув масштабные репрессии против коммунистов, сумели выбить практически все руководство партии. Лишь к началу 60-х годов коммунистам удалось оправиться от потерь. К этому времени значительная часть филиппинских коммунистов, как и в целом коммунистов Юго-Восточной Азии, симпатизировала скорее Китаю Мао Цзэдуна, чем более умеренной линии, представленной Советским Союзом. Объяснялось это как ментальной и территориальной близостью китайской цивилизации, так и активным участием маоистского Китая в финансировании радикальных коммунистических партий в странах Индокитая, Индонезии, Малайзии, Индии и на Филиппинах. Наконец, следует отметить, что просоветские коммунистические лидеры с довоенным стажем либо погибли в годы Второй мировой войны, либо были уничтожены в последовавший за войной период политических репрессий филиппинской власти против коммунистов. Среди радикально настроенной молодежи большим успехом пользовались идеи «Великого кормчего», нежели советская модель строительства социализма и мирного сосуществования с капиталистическим миром.
Именно с деятельностью маоистов связывают начало «красной» партизанской войны на Филиппинах, продолжающейся практически пятьдесят лет. Бессменным лидером маоистской компартии, сформированной 26 декабря 1968 года, является Хосе Мария Сисон. Как и многие другие революционные деятели, Сисон родился в богатой семье землевладельца – в далеком 1939 году. Он получил образование на факультете политических наук Филиппинского университета, где познакомился со своим ровесником и соучеником – лидером Национального освободительного фронта моро Нур Мисуари. В молодости Сисон подавал большие надежды как будущий ученый – специалист по литературному творчеству Хосе Рисаля. Однако, Хосе Мария Сисон избрал путь революционного деятеля, в качестве которого ему и оказалось суждено войти в историю послевоенных Филиппин.
В 1962 г. Сисон, в ту пору занимавший пост исполнительного секретаря общества дружбы «Филиппины – Индонезия», посетил с визитом Индонезию, где познакомился с деятельностью местных коммунистов маоистского толка и проникся их идеями. Спустя четыре года он побывал в Пекине, после чего приступил к созданию на Филиппинах маоистской компартии. Официально обновленная Коммунистическая партия Филиппин отсчитывает свою историю с 1968 г., почему ее аббревиатура и пишется как «КПФ (1968)». Сисону удалось привлечь на свою сторону многих полевых командиров из числа ветеранов «Хукбалахап», которые привнесли в организацию свой боевой опыт и смогли обучить маоистскую молодежь из числа студентов, городских и сельских люмпен-пролетариев, методам партизанской войны. В 1969 году была создана Новая народная армия (ННА) – Bagong Hukbong Bayan – вооруженное крыло Коммунистической партии Филиппин, которое вплоть до настоящего времени ведет партизанскую войну против филиппинского правительства.