По мнению большинства немецких историков, к началу XVII в. Империя оказалась в состоянии глубокого структурного кризиса, ставшего прологом к Тридцатилетней войне. В основе его лежало постепенное расшатывание Аугсбургской мирной системы и эскалация напряженности на всех этажах имперского здания. Однако мнения вокруг хронологии и первых симптомов кризиса в трудах историков разнятся. Имеющиеся точки зрения условно можно разделить на две группы: ранняя и поздняя датировка. Э. В. Цееден, избегая точных рубежей, склонен был рисовать в целом все правление Рудольфа II (1576–1612) ступенями к Тридцатилетней войне. По мнению Г. Лутца, кризис стал развиваться в течение двух последних десятилетий XVI в. Г. Шмидт полагает необходимым брать за его начало уже конец 70-х гг., т. е. первые годы правления Рудольфа II. X. Шиллинг также считает возможной относительно раннюю датировку: по его мнению, Империя была охвачена смутой на исходе века, но первые симптомы напряженности обнаруживались уже в конце 70-х гг. Для Ф. Пресса кризис несомненен во всяком случае для начала XVII в. X. Клютинг с некоторой осторожностью указывает в целом на 1600 г., на самый рубеж столетий, как на начало новых конфессиональных столкновений.
Каковы же были составные элементы кризисных явлений?
X. Шиллинг
— в этом он резко отличается от своих более структурно ориентированных коллег — усматривает первопричину кризиса главным образом в общих социально-культурных, духовных и ментальных сдвигах в конце XVI в. «Заявленная с семидесятых годов всеобщая мировоззренческая и идеологическая конфронтация, — пишет он, — воздействовала также на государства и на их отношения. В Империи появились люди, желавшие конфронтации… Почему же должно было случиться, что державшийся на протяжении целого поколения мирный порядок совместной жизни более не находил почвы? Виной тому не Аугсбургский компромисс, который к началу XVII в. скреплял мир, но люди, чьи представления в эпоху формирования конфессий изменились. Лишь эти ментальные перемены превращали спорные вопросы, по которым в 1555 г. не было достигнуто единства, в высшей степени взрывоопасный материал» [Schilling, AK. S. 397–398).Г. Лутц
также исходит из более общих социальных и духовных основ, хотя и не вполне разделяя парадигму конфессионализации X. Шиллинга. Первым крупным симптомом кризиса, по мнению историка, стало относительно четко выраженное контрреформационное движение в годы правления Рудольфа II, сопровождавшееся серией острых региональных стычек между протестантами и католиками, начиная от борьбы за Кёльн при архиепископе Гебхарде Трухзесе в 1582 г. и заканчивая ростом религиозного противостояния в начале XVII в. Неразрешенный в полной мере и не могущий быть в условиях XVI в. разрешенным межконфессиональный конфликт имел логичным следствием острый кризис всей имперской организации.Историки, стоящие на позициях институционного структурализма, склонны скорее указывать на конкретные неразрешенные вопросы Аугсбургского мира, медленно разрушавшие внутреннюю стабильность имперского здания. При этом, впрочем, ссылаются и на более общие причины, связанные с конфессионализацией. Эрнст Вальтер Цееден
говорил о пяти спорных вопросах, оставшихся в наследство от 1555 г., оказавшихся так до конца и не урегулированными и превратившихся в главные спорные пункты между сословиями к концу века: проблема признания кальвинистов и кальвинизма, реформационное право имперских городов, секуляризация епископств и духовных общин, расположенных на протестантских территориях, обязанности по «Декларации Фердинанда» для духовных княжеств и «Духовной оговорке» — для светских чинов. Фолькер Пресс резче обрисовывал общий социально-религиозный контекст: «Обновленный католицизм настаивал с удвоенной силой на своих правах: реформаты, находясь в неустойчивом положении, стали под главенством Пфальца ударной силой политики ревизионизма, направленной против религиозного мира. Конечно, юристы закрывали туманными интерпретациями многочисленные неразрешенные проблемы 1555 г., но становившееся все более зримым размежевание сил содействовало католической консолидации, с одной стороны, и кальвинистскому ревизионизму — с другой, т. е. тому развитию, которое в конце концов должно было разрушить систему религиозного мира. Процесс конфессионализации был в 1555 г. нарочито признан, однако его взрывное воздействие на имперскую организацию не могло быть нейтрализовано» [Press, КК. S. 161].