Увлечения императора накладывались на его внешне безупречный конфессиональный профиль и сильно стимулировались психологическими проблемами: депрессивность, вплоть до мыслей о самоубийстве, с годами посещала его все чаще. Целостное объяснение его феномена возможно лишь с принятием тезиса Р. Эванса и под его влиянием — Ф. Пресса, считавших, что император сознательно бежал от тяжелой реальности в мир высоких и таинственных материй. Слишком неустроенный христианский макрокосм в своем соприкосновении с легко ранимой душой императора побуждал к изоляции, к усиленной рефлексии в области трансцендентного. По мере роста политических проблем усиливалась депрессивная устраненность Рудольфа от мира в кругу мистиков, алхимиков и живописцев. Впрочем, пытаясь воссоздать коллективный портрет его окружения, можно увидеть некую общую черту: практически все из одаренных лаской императора думали универсальными макрокосмическими категориями; почти все пытались в своих опытах, открытиях или творчестве постичь идею единства и мировой гармонии, тем самым давая ответ на вопрос императора, поставленный его бегством от мира. В иллюзиях идеального целого Рудольф восполнял ущербность реального правления.
Прямым следствием выступало ширившееся сомнение среди родственников и духовенства в правильном понимании императором догмы: можно было принять и оправдать вполне нормированную эпохой увлеченность астрологией, но труднее было согласиться с откровенно магическими экспериментами и общением с носителями иудаизма. Родственников, особенно духовного сана, как, например, эрцгерцога Максимилиана, главу Немецкого ордена, равно и Матфея раздражало помимо прочего именно это странное сочетание веры и оккультизма их императора. Здесь возникал один из истоков семейного кризиса, впрочем, до поры — не столь заметный.
Немаловажное значение для последующего развития событий имели и династические проблемы
, связанные с наследованием. Рудольф не был женат, и законнорожденных детей у него не было, что, видимо, — и здесь вновь следует согласиться с Р. Эвансом — придавало его портрету драматичный оттенок. Проект его женитьбы на дочери Филиппа II Изабелле Кларе Евгении остался в мечтах. Пообещавший отдать свою любимую дочь императору, мадридский дядя потом переменил решение, обручил ее с родным братом Рудольфа Альбрехтом и назначил последнего наместником Нидерландов. Результатом стала стойкая неприязнь Рудольфа к брату и к испанским родственникам. С конца 90-х гг. в кругу многочисленных братьев императора стали намечаться планы возможного преемства, где роль ведущего претендента начал играть эрцгерцог Матфей. Лишенный всяких владений, за исключением пустого титула эрцгерцога Австрийского, Матфей мечтал о более достойном уделе, тем более что за несколько лет до этого он тщетно пытался укрепиться в Нидерландах, принуждаемый к этому самим императором.Смесь родственных и религиозных обид дополнялась политическими трудностями, вину за которые возлагали на государя. Как никто из своих ближайших предшественников, Рудольф стремился восстановить репутацию Империи и престола в деле защиты европейского христианства.
Следствием стал кризис в отношениях с Турцией
, приведший к войне, получившей в литературе наименование «Долгой турецкой войны 1593–1606 гг.» Борьба развернулась в границах традиционного противостояния: сражения шли в Среднем Дунае и в Венгрии. Христианскому оружию сопутствовал переменный успех: в 1593 г. имперцы разбили турок при Сисаке в Хорватии, в следующем г. сами потерпели поражение, лишились на короткое время стратегически важного Рааба (1594), но затем смогли отбить древнюю столицу Венгрии Штульвайссенбург (Секешфехервар, 1596), вновь Рааб (1598) и даже на время захватить Буду в 1600 г. Однако новая неудача (потеря Канишы в 1601 г.) и изнурительная пограничная война, вылившаяся в мелкие операции, истощили стратегические ресурсы армии. Рудольф последовательно делал ставку на доверие протестантских князей, пытаясь заручиться их финансовой поддержкой в обмен на гарантии религиозных свобод. Компромисс с протестантами относительно хорошо работал в первые годы, до новых серьезных конфликтов. Но он сам по себе раздражал католическую родню императора, видевшую в уступках протестантам пагубу для всей имперской католической половины. Кроме того, война совершенно дестабилизировала ситуацию в сопредельных землях. В Трансильвании вспыхнуло опасное движение местного дворянства, поставившее под сомнение не только достигнутые успехи, но и всю систему габсбургской клиентелы в наследственных землях.