Но если венгерский вопрос был более или менее решен, то
Вместе с тем с середины века оживает деятельность католической церкви. В Богемию начинают проникать первые иезуитские миссии и возрождаться католический клир. Важнейшей вехой стало восстановление архиепископской кафедры в Праге в 1561–1562 гг., за счет чего богемский католицизм приобрел главный организационный центр. Иезуитский коллегиум в Праге превратился в важнейший рычаг пропаганды тридентского католицизма и источник пополнения клерикальных кадров. Но позиции католицизма оставались все еще шаткими: большая часть населения, и сельского и городского, исповедовала протестантизм. Архиепископ Пражский контролировал не более половины прежних территориальных деканатов. Во главе приходов стояли в большинстве своем протестантские пасторы. В таких условиях, несмотря на подвижничество отдельных прелатов, к примеру архиепископа Мюглица, необходима была тактика компромисса. В кругах римской курии и при королевском дворе считали возможным достижение конфессионального единства между утраквистами и католиками. Однако эти планы оказались неосуществимыми при доминирующем в целом влиянии протестантских конфессий.
Впрочем, развитие самих протестантских вероисповеданий шло разными путями. Если социальная диаспора утраквизма не претерпевала существенных изменений, значительно исчерпав себя с XV в., то лютеране, богемские братья, сторонники Богемского вероисповедания пытались расширить ареал своего влияния. Тридентский католицизм пока еще находился в «оборонительном», более скромном положении, но и он не терял надежды на возрождение. В структурах Империи Богемия являла собой пример явно
Помимо собственно религиозной специфики, важность имела адаптация конфессий к сословной структуре богемских земель. Там традиционно очень сильными были позиции дворянства — рыцарства и «господ» в противовес малому удельному весу городских общин. Дворянство превращалось в главного вершителя конфессиональных судеб страны. Но в конце века стал заметен раскол в его рядах. Основная масса исповедовала протестантскую догму в ее разновидностях: примерно из 1400 дворянских родов около 1000 были протестантскими. Меньшая часть выступала носителем католицизма. Среди самых видных защитников католической конфессии мы видим Розенбергов, Лобковичей, Слават. При этом, однако, католическое меньшинство находилось под особой протекцией короля и выдвигалось на важнейшие административные и придворные должности. Среди всех прочих, несомненно, выделялась фигура старшего канцлера королевства Георга фон Лобковича, который был одним из главных советников при дворе сперва Рудольфа, а потом и Матфея, и родственница которого Поликсена фон Лобкович впоследствии вошла в число самых ярких ревнительниц католической веры в Богемии. Вместе с тем протестантское большинство не являло в религиозном отношении всецело однородную массу. В первое десятилетие XVII в. все более заметной становилась эволюция «богемских братьев» в сторону кальвинизма. Расширялись контакты между лидерами радикального крыла богемских протестантов с Пфальцем и австрийскими протестантами. Прочные позиции богемского дворянства были очевидны, но в его рядах имелась заметная религиозная дифференциация, влиявшая на отношения с короной.