Паралич имперской юстиции имел естественным следствием передачу функций суда, с одной стороны — рейхстагу, с другой — высшим имперским надворным учреждениям, прежде всего имперскому совету. Подобные перемены на первый взгляд имели и положительный резонанс: повышалась значимость придворных инстанций и, следовательно, авторитет самого императора. Впрочем, это было лишь иллюзией: в условиях династического кризиса, ссоры Рудольфа с братьями, череды смут в наследственных землях ключевую роль в совете начеши играть региональные силы, в первую очередь курфюрсты, среди которых особенно большую деятельность развернул архиепископ Майнцский. Большинство в коллегии курфюрстов было у католиков, протестанты вновь проигрывали в противостоянии, а император не мог поставить совет под собственный жесткий контроль.
Таким образом, только рейхстаг оставался единственной правительственной инстанцией, способной погасить развал системы управления. Но в условиях резко обострившегося противостояния религиозно-сословных партий деятельность рейхстага становилась все более проблематичной. В 1603 г. на его сессию был вынесен вопрос о «четырех монастырях». Однако перед лицом мощного противодействия Пфальца и его союзников-радикалов, согласившихся вотировать новые налоги на турецкую войну только взамен на прекращение дела о реституции монастырей, Рудольф не решился добиваться подтверждения приговора. Император попросту изъял этот вопрос из повестки дня. Вопрос остался нерешенным, а рейхстаг оказался явно неспособен к выработке согласованного мнения. Новый конфликт, разразившийся в 1607 г. вокруг города
Донауверт пребывал в статусе имперского города с католическим меньшинством в своих стенах. Попытки лютеранского городского совета запретить на улицах города процессию католических монахов из тамошнего монастыря св. Креста в 1606 г. привели к конфликту с имперским судом. Насилия же, учиненные протестантскими гражданами над католиками, побудили императора потребовать удовлетворения жалобы католической общины, а в 1607 г. наложить на город имперскую опалу. Причем по решению Рудольфа экзекутором опального города был назначен не герцог Вюртембергский, что было обязательным согласно Швабскому Праву, в зоне действия которого находился Донауверт, а герцог Баварии Максимилиан. Баварские войска оккупировали город, а в возмещение военных издержек баварской стороне император передал город в залог Максимилиану, что грубо нарушало статус Донауверта как имперской общины и превращало его в ленника Баварии. В Империи на этой почве разразился самый громкий за последние десятилетия скандал, грозивший обернуться открытым вооруженным противостоянием. Протестанты чувствовали себя не просто ущемленными в правах, но и обманутыми императором, который в их глазах перестал выступать гарантом Аугсбургских соглашений, откровенно встав на точку зрения католиков. Одновременно исчезли и барьеры, еще сдерживавшие эмоции: Венское соглашение с Бочкаи и мир с турками в 1606 г. убрали последние препятствия на пути распада сословного единства.
В накаленной атмосфере в начале