Матфей, пользуясь выгодами своего положения, при поддержки венгров и родни сумел добиться лояльности чинов наследственных австрийских земель и даже силой принудить к союзу с собой моравские сословия. Начался форменный мятеж против императора. Эрцгерцог с войсками готовился вступить в Богемию. Рудольф, спасая корону на своей голове, пошел на крайний шаг: он решил заручиться поддержкой богемского дворянства и городов, чтобы противопоставить одной половине своего наследства другую. В надвигавшейся смуте, грозившей Габсбургам кровавым хаосом и непредсказуемыми последствиями, сословия Богемии сочли за благо оказать поддержку своему королю. Матфей, оказавшийся перед лицом вооруженного сопротивления в Богемии, побоялся испробовать силу оружия и пошел на компромисс. В 1608 г. в Либене
было достигнуто новое соглашение с Рудольфом, согласно которому император отдавал Матфею — отныне своему заклятому врагу — корону Венгрии, наследственные земли в Австрии и маркграфство Моравию. За собой он сохранил лишь корону св. Венцеля и имперский титул. С одной стороны, это выглядело впечатляющим успехом эрцгерцога, но с другой — превращало его в заложника тех сословных свобод, которые он даровал своим новым подданным. То же самое относилось и к Рудольфу. Пользуясь оказанными императору важными услугами в защите его интересов, сословия Богемии вынудили Рудольфа в июне 1609 г. даровать им т. н. «Грамоту Величества», являвшую собой внушительный реестр сословных вольностей, касавшихся прежде всего свободы вероисповедания в Богемии. Император связал себя тяжелыми условиями с собственными вассалами, и это делало сомнительным его успех в борьбе с братом. В 1610 г. начался последний раунд тяжелого династического кризиса. Войска, собранные на Рейне племянником императора эрцгерцогом Леопольдом, епископом Пассауским, и предназначавшиеся для борьбы с протестантским претендентом на выморочный Юлих-Бергский лен, были по распоряжению Рудольфа брошены в Богемию, дабы с их помощью уничтожить все сделанные эрцгерцогу уступки. Матфей уже был готов просить мира, но положение, на его счастье, неожиданно переменилось. Императорские войска, не получая жалованья, решили возместить издержки за счет пражских жителей. Чехи, крайне раздраженные разбойным поведением «пассауских» солдат на улицах Праги, оставили сторону короля. В условиях открытого восстания Рудольф не смог предотвратить альянс недовольных сословий с его братом. Новый договор с Матфеем предусматривал передачу ему богемской короны (манифест об отречении был подписан Рудольфом 18 августа 1611 г.) и вынуждал Рудольфа провести затворником остаток своих дней на Градчанах, довольствуясь лишь императорским титулом. Там, в своей любимой резиденции, он и скончался в январе 1612 г., по некоторым сведениям, уже совершенно душевнобольным человеком. В том же г. Матфей был беспрепятственно избран новым государем Империи.Важнейшим последствием семейного кризиса Габсбургов стало расшатывание позиций короны в наследственных землях, в первую очередь в Венгрии и в Богемии. Частые манипуляции сословным мнением, всевозможные гарантии, розданные сословиям этих королевств за годы междуусобицы, все более и более превращали их во внутренне совершенно автономные анклавы. Не только разрушалось единство габсбургских доменов, но и падал авторитет, сужались властные функции короны в каждом из этих королевств.
Привилегии, дарованные Венгрии
в 1606 г., историки даже склонны определять «великой хартией вольностей» венгерских сословий. Гарантировались религиозная терпимость и свобода вероисповедания, складывалась система внутренней автономии и ликвидировались все начинания, предпринятые Рудольфом для онемечивания венгерской территориальной администрации. Матфею удалось сохранить Венгрию в составе Империи, однако на очень тяжелых условиях.