Если на западе и на юге Империя, пусть и в ограниченном виде, но сумела зафиксировать свое присутствие, то на северо-востоке в Прибалтике
ей пришлось поступиться самым дальним своим анклавом. В 1558 г. вторжение русских в Эстляндию ознаменовало начало Ливонской войны (1558–583). Она имела катастрофические последствия для Немецкого Ордена и стала тяжелым испытанием для неокрепшей евангелической церкви в Прибалтике. Раздираемый внутренними конфликтами между епископством Рижским и ландмайстером, светскими и духовными чинами, Орден оказался не способен парировать удар. Последний ландмайстер Ливонии Готтхард Кеттлер (1559–1561), питавший симпатии к лютеранству, не смог объединить сословия для борьбы с московской агрессией. Посольство Ордена тщетно добивалось поддержки в Империи. Габсбурги и рейхстаг не чувствовали себя в силах помочь далекой Прибалтике, дело ограничилось лишь широкой публицистической пропагандой, живописавшей русский террор. В 1561 г. Орден распался: Кеттлер отдался под протекцию польской короны и Великого княжества Литовского (с 1569 —Речь Посполитая), получив ленные права на Курляндское герцогство (Дом Кеттлеров, 1561–1737) с гарантиями прав евангелической церкви в Курляндии и свободы вероисповедания для подданных. Лифляндия к югу от Вайссенштейна (Пайде) и Пернова (Пярну) непосредственно вошла в состав польско-литовского государства, образовав т. н. польские «Инфлянты», состоявшие из трех воеводств: перновского, дерптского и венденского. Лишь город и архиепископство Рига на двадцать лет сохранили независимое положение, но в 1581 г. и они признали верховную власть Речи Посполитой. Эстляндия (земли Аллентакен, Вик, Вирланд, Йерве, Хариен с центром в Ревеле), а также часть архипелага отошли к шведской короне, а остров Эзель оказался во власти Дании. После многолетней борьбы русские были изгнаны сперва из Лифляндии (1578), а затем и из Эстляндии (1581–1582), но Прибалтика не возвратилась под державный скипетр Империи. Победителями в войне стали Речь Посполитая и Швеция, поделившие между собой старые орденские земли. Война сопровождалась небывалыми опустошениями и кровавыми потерями, оставившими глубокий след в истории прибалтийских земель.В отношении Польши
(Речи Посполитой) Империя демонстрировала свой интерес лишь в форме двух попыток (1574 и 1586 гг.) посадить на королевский престол Габсбургов, оба раза — безрезультатно, причем Вене пришлось считаться с избранием после бегства из Польши Генриха Валуа трансильванского магната Стефана Батория (1575–1586), вассала Порты, выступавшего за компромисс европейских держав с Турцией и оттого едва ли надежного партнера для Габсбургов. Впрочем, победа на выборах 1586 г. шведского католика Сигизмунда (Сигизмунд III, 1587–1632) восстанавливала «незримый» блок Империи и Польши в общем противостоянии турецкой экспансии.Несравненно более важным для Габсбургов был юго-восточный узел, где приходилось решать трудную задачу защиты западной Венгрии и наследственных земель от турецкого давления
. Исходным пунктом для Фердинанда I были итоги борьбы его брата, зафиксированные в мирных соглашениях с Портой в середине 40-х гг. В 1562 г. был заключено новое перемирие на несколько лет на условиях отчисления Турции 30000 флоринов ежегодной дани. Полученная передышка оказалась, впрочем, весьма недолгой. В Трансильвании усилились позиции местной знати во главе с Яном II Заполья, желавшим расширить свои владения за счет соседних венгерских и словацких территорий, бывших под властью Империи. Сделавшись к концу 50-х гг. лидером Трансильвании и одновременно противником Порты, Заполья и его наследники организовали в 1564 г. мощное военное вторжение в глубь имперских владений. Завязалась изнурительная борьба, потребовавшая огромного напряжения сил. В конце концов удар был отражен, а вслед за тем императорские войска сами оказались в Трансильвании. Это, в свою очередь, привело к окончательному разрыву с Портой и к возобновлению войны. Крупные турецкие силы во главе с самим султаном Сулейманом оказались в западной Венгрии, угрожая сердцевине наследственных земель. В Вене вторично после 1529 г. думали об эвакуации столицы. Но успехи турок были остановлены под стенами Сbгеда, в лагере у которого нашел свою смерть и сам Сулейман. Приемник его Селим, не чувствуя себя связанным многолетней борьбой отца, счел возможным пойти в 1568 г. на перемирие сроком на восемь лет взамен уплаты ежегодной дани в прежних размерах. Это соглашение в дальнейшим возобновлялось вплоть до 1593 г., когда Рудольф II решился начать новую большую войну, призванную кардинально изменить ситуацию в Среднем Дунае в пользу Империи.