Первые опыты организации евангелической церкви следовали не в территориях, а городах, причем вплоть до конца 20-х гг. лишь Страсбург и Констанц имели в своих стенах относительно организованное сосуществование учреждений магистрата и верующих. Организационные основы здесь складывались в основном под влиянием цюрихской Реформации Цвингли
, с самого начала считавшего необходимой жесткую вертикаль соподчинения общинных и правительственных структур. Центральные и северонемецкие города, дистанцируясь от цвинглианства, лишь постепенно обретали более или менее ясные контуры церковной организации. Что же касается территорий, то здесь, исключая частный пример секуляризации Немецкого Ордена в Пруссии в 1525 г., лишь курфюршество Саксония в правление Иоганна Постоянного (1525–1531) предприняло самую крупную и последовательную попытку установить контроль светской власти над бывшими церковными институтами (визитация 1527–1528). Вообще же следует отметить, что уже накануне Реформации существовали предпосылки княжеского руководства церковью: во второй половине XV в. во многих княжествах, особенно во владениях Веттинского Дома, было узаконено вмешательство в монастырскую жизнь, организация визитаций, надзор за епископатом — явление, указывавшее на то, что проблемы Реформации не были в данном аспекте чем-то принципиально новым для правительственной практики имперских князей.Саксонский пример оказался не только одним из самых ранних, но и образцовым для многих территорий. Однако до середины века и здесь не было специальных учреждений, которые ведали бы вопросами только организации евангелической церкви. Княжеские советники непосредственно на местах разбирали текущие дела по мере их поступления. Дело ограничивалось лишь введением должности суперинтендантов, следивших за нравственностью пастората. Лишь с появлением в 1539 г. в лице консисторий
высшей судебной инстанции для духовенства можно было говорить о рождении постоянно действующего надзорного органа, подотчетного княжеской власти. «Посредством этого института князь принял на себя ставшую бесхозной епископскую юрисдикцию» [Schmidt, Konfessionalisierung. S. 14]. Как род правительственных учреждений консистории впоследствии возникли и в структурах управления многих других северо- и центральнонемецких княжеств, выступая отпочкованием старых земских судов.При всем многообразии региональных различий классическими для Германии стали две модели территориальной организации лютеранской церкви: Вюртемберг
и Саксония. Вюртемберг, игравший роль больверка лютеранства в южной Германии, приобрел четкие контуры церковной организации при герцоге Христофоре в 1553 г., когда был создан церковный совет, выполнявший при князе ту же роль, что и консистории в Саксонии. Если в Саксонии консистория восходила корнями к судебным учреждениям позднего средневековья, то высший орган церковного контроля в Вюртемберге вырос из практики визитационных комиссий: суд чести по делам духовенства был передан здесь специальным инстанциям. Совет непосредственно подчинялся князю и состоял на паритетной основе из теологов и юристов. Согласно синодальному уложению 1547 г., герцогство территориально дробилось на 23 деканата с обязательным созывом два раза в год общего Синода. В 1553 г. деканаты были преобразованы в суперинтендатуры уполномоченных надзирать приходских пастырей в своей округе. В свою очередь суперинтенданты были подчинены четырем генерал-суперинтендантам, отвечавшим за т. н. «четверти» (т. е. четыре церковные провинции, на которые было поделено герцогство). Общины были жестко субординированы церковным инстанциям, и их возможности влиять на повседневную жизнь ограничивались лишь правом выражать общее мнение по поводу нравственного облика собственных пастырей. Последние без согласия общины имели право не допускать согрешивших к причастию, а отлучение от общины следовало лишь по решению Синода без всякого волеизъявления самой общины. Высшей представительной инстанции, т. е. Синоду, принадлежало право отлучения и назначения пастырей.