Далеко не радужную картину дополняло наметившееся в некоторых областях, а в других — усилившееся влечение к суеверию, магии и колдовству. Во многом мистический покров самой лютеранской доктрины объяснял увлеченность мистикой духовной элиты, но при том содействовал огрублению веры на селе, где зачастую смешивались христианские и нехристианские ритуалы. По мнению Бернара Фоглера
, в рейнских землях в начале XVII в. все попытки лютеранского духовенства привить правильное представление о вере окончились неудачей. Хорст Рабе прямо возлагает на лютеранскую конфессионализацию ответственность за новую волну колдовских процессов, «охоты на ведьм», охватившую в конце XVI в. значительные массивы южной Германии. Рост грамотности на селе и в городах сильно разнился по регионам. Если в Саксонии и Тюрингии школьное дело было налажено весьма хорошо, то в других областях шокировало полное незнание крестьянами молитв и статей веры. В добавление к этому указывают и на прежнюю грубость нравов, мало в чем смягченную евангельскими проповедями. Известный специалист в области конфессионализации Джеральд Штраус пришел даже к выводу о полной неудаче лютеранства в его попытках изменить культурный профиль населения спустя полвека после смерти Лютера.Другая группа историков склонна не столь мрачно представлять картину. Оперируя данными по городскому населению и материалами отдельных регионов, они указывают на бесспорные успехи в деле повышения грамотности и изменения повседневного ритуала. Тот же X. Рабе констатирует, что учреждение приходских школ на селе явилось важным каналом стабилизации общественных отношений. Джеймс Киттельсон
говорит о блестящих успехах на ниве просвещения в Страсбурге и его округе в конце века. Антон Шиндлинг. один из крупнейших специалистов в области образования и науки в раннее Новое время, заявляет о бесспорном вкладе конфессионализации в развитие педагогики и рост грамотности среди населения. Второе дыхание обрели университетские и школьные структуры в лютеранской Германии. Наряду с функционированием старых центров университетской культуры, превращенных в цитадели лютеранской богословской мысли типа Тюбингена, возникновением новых (Гиссен, Хелмштедт) рождались и городские гимназии в стенах имперских городов. Самыми яркими примерами здесь стала гимназия в Страсбурге, учрежденная хлопотами местного бургомистра Якоба Штурма в 1538 г., и аналогичное заведение в Нюрнберге, основанное в 1573 г. и позднее переведенное в пригород Нюрнберга Альтдорф.