До 1902 г. Бауэр, который переехал в Берлин, вел профсоюзную работу и руководил адвокатским бюро. В процессе долгой подготовки закона о страховании для служащих он полностью занялся профсоюзной работой. С 1903 г. трудился в Центральном рабочем секретариате свободных профсоюзов, представляя интересы инвалидов и пострадавших в результате несчастных случаев. Его активность получила признание и открыла ему путь в руководство немецкого социалистического профсоюзного движения. В 1908 г. Бауэр стал вторым председателем генеральной комиссии профсоюзного движения, во главе которой стоял Карл Легин.
В 1911 г. Бауэр женился на Хедвиг Мох. В этом же году рейхстаг принял закон о страховании служащих, за который он так долго боролся. Несомненно, Бауэр целеустремленно продвигался вперед и многого добился в движении профсоюзов. Но как много было у него друзей? Конечно, между восточнопрусскими социал-демократами, которые действовали в Берлине, существовала тесная связь, но вызывает сомнение, что у Бауэра были дружеские отношения с земляками Гаазе и Криспином, принадлежавшими к левому крылу партии.
Когда один из лидеров СДПГ, тоже восточный пруссак, Отто Браун в 1909 г. создал в Берлине «Союз сельских рабочих», Бауэр на Учредительном собрании изложил точку зрения генеральной комиссии. Он ратовал за деполитизацию союза, чтобы не давать органам власти никакого повода для вмешательства.
Среди членов партии Бауэр не пользовался популярностью из-за своего характера. Историк рабочего движения Хедвиг Вахенхайм писала: «У Бауэра не было привлекательности большой личности, он был сухим парнем, который с примитивной бесцеремонностью говорил то, что думал. Он заявил Розе Люксембург, что организации вредят ее речи, а ее собрания, кроме того, плохо посещаются».
Столкновение Бауэра с Розой Люксембург произошло в 1913 г. на съезде партии, когда Бауэр изложил отношение руководства профсоюзов к политической массовой забастовке, с помощью которой даже относящийся к правому крылу Людвиг Франк хотел добиться отмены прусского трехклассного избирательного закона. Бауэр полагал, что даже при отклонении равного избирательного права социалистическое движение все равно усилится, так как на выборах 1912 г. его влияние стало намного сильнее, чем когда-либо раньше. Конечно, прусское избирательное право является позором, который необходимо устранить, считал Бауэр, но все же это не является жизненно важной проблемой и поэтому профсоюзы отказываются обсуждать вопрос о забастовке. Как и другие профсоюзные лидеры, он полагал также, что интеллигенты придают слишком большое значение этой проблеме, которая не очень интересует рядовых членов партии. Однако если раньше Бауэр считал сторонников массовой политической забастовки лишь «сотрясателями воздуха», то с начала 1914 г., когда в Пруссии обострилась политическая ситуация и право заключения коалиций оказалось под угрозой, он изменил свое отношение к забастовкам или, по крайней мере, выразил новую позицию руководства профсоюза. Теперь он уверял, что профсоюзы не станут препятствовать СДПГ в жесткой предвыборной борьбе и поддержат даже самые крайние методы, которые применит партия.
После выборов 1912 г. Бауэр стал депутатом рейхстага. Чтобы укрепить еще слабое в рядах социал-демократии крыло служащих, а также повысить свою роль в профсоюзах, он баллотировался в надежном избирательном округе Бреслау VI.
Когда в 1913 г. европейские социалистические парламентарии встретились в Берне, чтобы договориться о тесном сотрудничестве, которое должно было способствовать их совместным действиям прежде всего в периоды кризиса, Бауэр входил в социал-демократическую делегацию Германии.
Тем не менее в партии Бауэр имел как сторонников, так и противников. Дело дошло даже до того, что один из лидеров левого крыла Георг Ледебур потребовал его исключения из партии. В ноябре 1913 г. на заседании правления партии Бауэр, более реалистично, чем большинство членов партии, оценивая обстановку, заявил, что борьба СДПГ против войны не будет иметь никаких шансов, если пролетариат под воздействием милитаристской пропаганды будет охвачен воинственным пылом. Саму войну он рассматривал как вооруженное столкновение между закрытыми экономическими областями, рабочие которых в случае победы окажутся даже в лучшем положении, чем раньше, поскольку их зарплата возрастет, а безработица снизится.