На суде Арнгольдт и Сливицкий, по словам одного из современников, «нимало не запираясь, объявили всю истину своей вины, прибавив к тому, что это было их убеждение». На страницах «Колокола» о суде рассказал кто-то из членов армейской организации. «Все держали себя, — писал он, — особенно Арнгольдт, перед судом с геройской твердостью. Они с первых слов объявили, что говорили с солдатами и распространяли между ними либеральные идеи по убеждению и не откажутся от своих убеждений, хотя и знали очень хорошо, что против них нет никаких юридических доказательств». В качестве главной улики в суде фигурировало письмо генералу Лидерсу, не оставляющее сомнений в революционных убеждениях его автора. Когда Арнгольдту предъявили это письмо и спросили, кто его написал, тот, не колеблясь, ответил, что письмо писал он, но еще не окончил; взял перо и подписал под письмом свою фамилию.
Суд приговорил Арнгольдта, Сливицкого, Ростковского к смертной казни, а Щура к наказанию шпицрутенами и каторжным работам на двенадцать лет. Каплинский также попал на каторгу. Связанный с ним артиллерийский поручик Станислав Абрамович был уволен со службы, а Непенин и Плешков переведены в другие части.
Приговор Арнгольдту и его товарищам по замыслу царя должен был терроризировать общество и армию. Военный министр генерал Д. Милютин иначе представлял себе отклик на это дело и предлагал Александру II смягчить приговор. Даже генерал Хру-лев, которого Герцен называл кондотьером, был против смертной казни. Однако Александр требовал неумолимой строгости. При этом он уклонился от утверждения приговора, а перепоручил это дело наместнику А. Лидерсу.
На страницах «Колокола» Герцен заклеймил трусость царя, оценив смертный приговор как «неронов-ский поступок, сделанный лицемерно, чужими руками, под фирмой Лидерса». Оценка эта совершенно правильна. Сейчас мы знаем закулисную сторону этой отвратительной истории из шифрованной переписки Лидерса с военным министром. 9 июня Лидере телеграфировал Милютину о том, что смертный приговор послужит прославлению осужденных как «мучеников правого дела» и повлечет «к возбуждению жителей против правительства». «Поэтому, — писал он, — замена смертной казни ссылкой на каторжную работу, мне кажется, более согласна с родительским сердцем государя императора. Но прежде чем решить, это обстоятельство, я покорно прошу [...] сообщить мне ваше личное мнение, так как мысли государя императора вам ближе известны». Ответ был лаконичен и выражал, конечно, волю царя. Вот текст депеши, датированной 10 июня: «Считаю совершенно необходимым приговор над офицерами 4-го батальона Привести в исполнение без всякого смягчения. Крайне нужен пример строгости. Полагал бы исполнить в Новогеоргиевске, чтобы устранить демонстрации. Генерал-адъютант Милютин».
14 июня Лидере утвердил решение военно-полевого суда. В тот же день приговор был объявлен офицерам, сидевшим вместе в камере Александровской цитадели. Следователи обманули смертников, уверив их, что над ними будет произведен только обряд казни, а потом объявят о помиловании. Этого убийства страшились сами палачи. Выполняя рекомендацию царя и опасаясь, чтобы в войсках варшавского гарнизона не возник «случай ослушания со стороны, экзекуционных войск», осужденных перевезли в Новогеоргиевскую крепость (Модлин) — в сорока верстах от Варшавы. Их конвоировало свыше пятидесяти казаков, их везли, нигде не останавливаясь и не позволяя смертникам сходить с телеги.
В четыре часа утра 16 июня весь гарнизон Мод-лина выстроился на валу и во рву около крепости. Арнгольдт, Сливицкий и Ростковский, окруженные жандармами, казаками и солдатами, были проведены через цитадель к крепостному рву. Аудитор прочитал конфирмацию, на осужденных надели балахоны, подвели к столбам, завязали глаза. Для экзекуции был выстроен целый батальон специально отобранных солдат, командовал ими генерал, присланный Лидерсом из Варшавы. Ростковский попросил солдат: «Ребята, пожалуйста, цельтесь хорошенько: прямо в сердце!» Но у солдат тряслись руки. Сливицкий после двенадцати пуль был жив, и фельдфебель выстрелом из пистолета добил его. Так описывают казнь современники.
Приказ о казни опубликовали только через несколько дней. 4-й батальон накануне казни подняли по тревоге и перебросили в город Лович.