Окончив четыре класса духовного училища, 10 июня 1862 года 19-летний юноша впервые приехал в Мойский Свято-Троицкий монастырь, расположенный в селе Мойки Бузулукского уезда Самарской губернии. Этой небольшой обители в то время исполнилось только три года. При кладбище имелся деревянный храм во имя Святителя и Чудотворца Николая, построенный в 1859-м владельцем села Мойки Николаем Ивановичем Христом. В монастыре были деревянный жилой корпус на восемь келий, столовая, дом настоятеля с несколькими кельями, баня, вырытая в земле кухня, скотный двор, деревянный флигель с тремя кельями, двумя амбарами, каретником и погребом. Хозяйство состояло из восьми коров и пятнадцати лошадей, при монастыре был также огромный, в тысячу деревьев, яблоневый сад, славившийся на всю округу. Имелась небольшая библиотека, насчитывавшая сто книг, выписывались два журнала — «Странник» и «Современный листок». Настоятелем обители был иеромонах Аарон (Соколов), в недавнем прошлом участвовавший в Крымской войне 1853—1856 годов. За участие в боях отец Аарон был удостоен бронзового креста на ленте ордена Святого Владимира. Неудивительно, что Василий Смирнов смотрел на своего духовного наставника с огромным уважением.
5 января 1864 года епископ Самарский и Ставропольский Феофил посвятил Василия в стихарь, а 26 мая 1865 года указом Консистории Василий Смирнов был утвержден послушником Мойского монастыря. Это означало, что в будущем Василий станет монахом. Как и полагалось послушнику, он поселился в келье с монахом-наставником. В клировых ведомостях монастыря, сохранившихся в фондах Государственного архива Саратовской области, сказано, что в 1866 и 1870 годах Василий исполнял послушания клиросного и письмоводителя. В праздности он не проводил ни минуты, ведь жизнь послушника состоит из постоянного труда, подчиненного монастырскому расписанию…
В Мойском монастыре, готовясь к постригу, Василий Смирнов провел 15 лет. 25 мая 1879 года он по собственному прошению был принят в Казанскую епархию и переведен в Седмиозерную Богородицкую пустынь, размещавшуюся в 17 верстах от Казани. Седмиозерной она называлась из-за семи озер, расположенных рядом и со временем слившихся в одно. История пустыни восходила к 1615 году, когда великоустюжский схимонах Евфимий поселился в дикой, необжитой местности, где время от времени появлялись только язычники-черемисы. Вскоре пример Евфимия привлек еще нескольких монахов и послушников, и в 1627 году был официально открыт монастырь. В его Смоленском соборе хранилась чудотворная икона Смоленской Седмиозерной Божьей Матери, принесенная схимонахом Евфимием; в 1654 году она чудесным образом спасла Казань и окружающий ее край от моровой язвы, а в 1771-м — от чумы (сейчас эта икона находится в Петропавловском соборе Казани). В 1816 году в обители было учреждено монашеское общежитие, образцом для которого послужил устав Саровской пустыни. Постоянно там находились только 20 монашествующих.
11 июля 1881 года в этой небольшой пустыни 38-летний Василий Смирнов принял монашеский постриг под именем Антония. Как и положено, он принял обеты целомудрия, нестяжательства и послушания и облачился в монашеское одеяние: клобук, черную рясу с кожаным поясом и сапоги. 20 ноября того же года он был рукоположен в иеродиаконы (монах в сане диакона), 12 ноября 1882 года — в иеромонахи (монах в сане священника). 10 марта 1883 года стал ризничим пустыни.
В сентябре 1883 года отец Антоний был перемещен в Казанский Иоанно-Предтеченский монастырь — одну из древнейших обителей Казанского края, открытую в 1594 году указом царя Федора Иоанновича. Монастырь возвышался напротив Казанского кремля, над Волгой, из его окон были видны подгорная часть Казани и Услонские горы. Отец Антоний был назначен казначеем монастыря, одновременно он состоял духовником при Казанской духовной академии и женском Казанском Богородицком монастыре. За усердное выполнение своих обязанностей 12 февраля 1885 года отец Антоний был награжден набедренником.
В Казани иеромонаху Антонию было суждено провести немного времени. 27 октября 1887 года согласно решению церковных властей он был переведен из Казанской епархии в Астраханскую, в Астраханский Иоанно-Предтеченский монастырь. Эта обитель была основана в 1688 году и к концу XIX столетия была совсем невелика — не считая игумена, в ней находились восемь монахов и пять послушников. Именно этому маленькому тихому монастырю было суждено стать пристанищем отца Антония надолго — в Астрахани провел он более пятнадцати лет. 15 мая 1897 года за усердную службу ему было преподано благословение Священного синода.