22 июня 1941 г. встретила под командованием капитан-лейтенанта (затем капитана 3 ранга) И.Н. Киселева в составе 3-го дивизиона 1-й бригады подводных лодок.
Вечером 22 июня лодка вышла из Севастополя на позицию у западного побережья Черного моря, на подходах к м. Эмине. Первые пять боевых походов успеха не имели.
8 марта 1942 г. в 65 милях к северо-западу от Синопа на переходе в назначенный район, лодка была внезапно атакована самолетом противника, сбросившего 2 бомбы, вышли из строя турбонасос и командирский перископ. Командир получил приказ вернуться в Туапсе.
5 апреля командиром лодки назначен капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) В.И. Иванов.
Во второй половине июня 1942 г. «Щ-209» совершила два рейса в осажденный Севастополь, доставив туда 58,9 т боеприпасов и вывезя в Новороссийск 106 человек, в том числе 1 июля 1942 г. эвакуировала с м. Херсонес руководящий состав штаба Отдельной Приморской армии (63 человека).
10 апреля 1943 г. вышла из базы и на следующий день заняла позицию в районе Одесса, Тарханкут. 23 апреля «Щ-209» единственная из черноморских подводных лодок была наведена на противника разведывательной авиацией, но атака не удалась.
15 ноября 1943 г. «Щ-209» вышла из Батуми для действий на коммуникациях противника. 21 ноября с подводной лодки была скрытно высажена в тыл противника в районе Портицкого гирла разведывательная группа, а затем она взяла курс на позицию в район Тарханкута, куда и прибыла 23 ноября. Лодка находилась на позиции до 11 декабря. За это время она имела пять боевых соприкосновений с вражескими конвоями. 29 ноября атака по конвою сорвалась из-за неправильного маневрирования.
В 16 ч 2 декабря «Щ-209» обнаружила конвой в составе двух быстроходных десантных барж, парусно-моторной шхуны и пяти сторожевых катеров. В воздухе над конвоем барражировали два самолета. В 16.34 лодка произвела четырехторпедный залп веером. В результате была потоплена БДБ «F-566» (350 брт). После атаки, от близкого взрыва торпед получив повреждения и приняв большое количество воды, лодка легла на грунт. До 17.18 катера противника производили поиск подводной лодки, но, не обнаружив ее, удалились.
Днем 3 декабря «Щ-209» отказалась от атаки из-за плохой видимости, а вечером (около 23 ч) при выходе в атаку лодку обнаружил эсминец «Реджеле Фердинанд», и она вынуждена была уклониться от тарана погружением.
4 декабря в 11.17 «Щ-209» обнаружила вражеский конвой в составе транспорта (1500 брт) и пяти кораблей охранения. Лодка выпустила по транспорту две торпеды с дистанции 14 кбт. На лодке слышали два взрыва. Результатов атаки командир не наблюдал, так как она поверглась преследованию, на нее было сброшено 45 глубинных бомб. 15 декабря «Щ-209» возвратилась в базу.
В марте 1944 г. личный состав был полностью заменен экипажем «Щ-130» Тихоокеанского флота, новым командиром корабля был назначен капитан-лейтенант В.В. Стеценко. 12 марта черноморский экипаж «Щ-209» убыл в Архангельск, далее с конвоем в Англию, где укомплектовала «В-4», переданную англичанами СССР.
4 апреля командиром назначается капитан-лейтенант Н.В. Суходольский.
10 июля 1944 г. «Щ-209» вышла из Батуми на позицию в районе Босфора.
Вечером 19 июля она обнаружила и безуспешно атаковала четырьмя торпедами с дистанции 5 кбт транспорт в охранении сторожевого катера и самолета. На следующий день одной торпедой с дистанции 5 кбт была потоплена турецкая шхуна «Шемси-Бахри».
Утром 26 июля «Щ-209» безуспешно атаковала двумя торпедами одиночную турецкую шхуну, а затем, сблизившись с ней на дистанцию 2 кбт, расстреляла ее артиллерийским огнем. 30 июля лодка вернулась в Батуми.
Последний поход совершила с 1 по 15 сентября 1944 г.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 6 марта 1945 г. «Щ-209» была награждена орденом Красного Знамени.
«Щ-209» совершила 18 боевых походов (337 суток) 12 торпедных атак, в результате которых потоплены 1 шхуна и 1 корабль, кроме этого, возможно еще потоплены 1 судно и 1 корабль. Артиллерийским огнем потоплено 1 судно.
«Щ-209» (с июня 1949 — «С-209») в 1956 г. была выведена из боевого состава и переформирована УТС. В 1992 г. УТС сдана на слом.
Эти лодки создавались в конце 1930-х годов при содействии немецкой фирмы «Дешимаг». «Эски», как их звали на флоте, обладали высокими боевыми качествами и были наиболее совершенными подлодками отечественного флота. Подводные лодки типа «С» активно участвовали в Великой Отечественной войне. Пять из них за боевые отличия награждены орденами Красного Знамени, одна удостоена гвардейского звания, а «С-56» стала гвардейской Краснознаменной.