15 апреля «С-33» вышла из базы и на следующий день заняла позицию у мыса Тарханкут. В ночь на 20 апреля был обнаружен вражеский конвой — румынский транспорт «Сучава» (6876 брт) в охранении эсминца «Р. Мария» и трех тральщиков. Заняв выгодную позицию в надводном положении, командир выпустил с дистанции 12 каб три торпеды. Две из них поразили пароход, мгновенно отправив его на дно. Тральщики пытались преследовать погрузившуюся лодку, но, сбросив 18 глубинных бомб, нанесли ей лишь незначительные повреждения.
22 сентября «С-33» обнаружила вражеский конвой (танкер, минзаг и три тральщика), выпустила по нему три торпеды, но промахнулась (хотя командир доложил о потоплении транспорта).
В очередной поход лодка вышла 7 декабря. 27 декабря она атаковала конвой, выпустив четыре торпеды, повредила охотник за подводными лодками: одна из торпед, выпущенных по транспорту, попала в корабль охранения «Uj-101», пробила корпус, но не взорвалась. 9 января 1944 года «С-33» вернулась в базу.
Вновь на позицию «С-33» вышла 9 мая. 12 мая юго- западнее мыса Сарыч она расстреляла из 45-мм орудия поврежденную нашей авиацией и брошенную командой десантную баржу «F-130А», перед тем сняв с нее кормовой флаг. 17 мая лодка вернулась.
10 июня в командование «С-33» вступил капитан- лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) П.И. Парамошкин.
Приказом Народного комиссара ВМФ от 22 июля 1944 г. № 332 экипаж подводной лодки «С-33» был удостоен звания гвардейского.
Бывшему командиру лодки Б.А. Алексееву присвоено звание Героя Советского Союза.
16 августа лодка вышла в свой последний поход, который успешно завершила утром 15 сентября. В сентябре командиром «С-33» был назначен капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) В.И. Матвеев.
«С-33» совершила 15 боевых походов (296 суток), 9 торпедных атак, в результате которых потоплено 1 судно (6876 брт) и поврежден 1 корабль, возможно потоплено еще 1 судно. Артиллерийским огнем потоплен 1 корабль.
После войны «С-33» продолжала служить на Черном море. 14 марта 1955 г. лодка была выведена из боевого состава, разоружена и переформирована в плавучую зарядовую станцию «ПЗС-22». 3 января 1978 г. она была исключена из списков ВМФ и разобрана на металл в Севастополе.
Заложена 5 октября 1937 г. в Николаеве на заводе № 198 (им. А. Марти). Спущена на воду 25 июня 1939 г. и 25 июня 1940 г. вошла в состав ЧФ.
22 июня 1941 г. встретила под командованием капитан-лейтенанта (впоследствии капитана 3 ранга) И.Ф. Фартушного в составе 2 дивизиона 1 бригады подводных лодок в Севастополе.
Четыре боевых похода 1941 г. не принесли результатов, судов противника не было обнаружено. В ночь на 27 октября 1941 г. «С-31», проникнув в Каркинитский залив, артиллерийским огнем поддерживала фланг наших войск, выпустив 77 100-мм снарядов.
8 мая 1942 г. командиром корабля назначен капитан-лейтенант Н.П. Белокуров.
В июне 1942 г. «С-31» совершила пять походов в осажденный Севастополь, доставив туда 204,5 т боезапаса, 20,1 т продовольствия, 45 т бензина, эвакуировав на Кавказ 59 человек.
21 сентября 1942 г. в 12.28 лодка в районе Ялты встретила транспорт противника и в 13.02 выпустила по нему две торпеды, но промахнулась. 22 сентября в 13.13 в районе Судака «С-31» обнаружила тральщик с баржей на буксире в охранении трех торпедных катеров. Лодка вышла в атаку и с дистанции 6 кбт. произвела выстрел двумя торпедами по барже, а затем уклонилась от атаки вражеских катеров. Баржа была потоплена.
28 июля 1943 г. «С-31», находившаяся на позиции в районе м-ка Тарханкут, потопила двумя торпедами десантную баржу, шедшую в охранении сторожевого корабля.
9 декабря в 12 ч находившаяся на позиции в районе м-ка Тарханкут «С-31» обнаружила четыре быстроходные баржи противника, сблизилась с ними и произвела по ним четырехторпедный залп веером с дистанции 2,5–3 кбт. В результате была потоплена быстроходная десантная баржа «F-580».
В апреле 1944 г. лодка выходила на позицию в северо-западную часть Черного моря.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 г. «С-31» была награждена орденом Красного Знамени.
«С-31» совершила 21 боевой поход, в том числе 5 транспортных в осажденный Севастополь (303 суток), 8 торпедных атак, в результате которых потоплен 1 корабль и, возможно, потоплены еще 2 судна и 2 корабля.
Заложена 24 марта 1937 г. в Ленинграде на заводе № 189 (Балтийский завод). Затем секциями перевезена во Владивосток на завод № 202 (Дальзавод), где производилась ее сборка. Спущена лодка на воду 30 августа 1940 г. и 30 ноября 1941 г. вошла в состав ТОФ.
Командиром корабля назначен капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга, капитан 2 ранга) И.Ф. Кучеренко.