В 21.10 были обнаружены ходовые огни. При сближении выяснилось, что они принадлежат лайнеру и кораблю охранения. Как стало известно позже, это был лайнер «Вильгельм Густлов» (25484 брт), который вышел из Гдыни (Готенхафен), имея на борту примерно 6690 человек, включая личный состав учебного центра подводного плавания. Миноносец шел мористее лайнера, прикрывая его с правого борта. Пройдя за кормой лайнера, «С-13» оказалась со стороны неприкрытого левого борта судна. Но лайнер и миноносец тем временем успели уйти довольно далеко. В течение двух часов лодка в надводном положении преследовала лайнер. Мотористы обеспечили длительный форсированный режим работы дизелей. В 23.08 «С-13» произвела четырехторпедный залп. Одна торпеда не вышла из аппарата, но остальные попали в цель. Лайнер затонул в течение 52 минут, при этом погибли 5,5 тыс. человек. Подошедшие корабли подняли из воды 1252 человека. Противник более четырех часов искали подводную лодку, сбросив 12 глубинных бомб, но «С-13» благополучно уклонилась от преследования.
До 9 февраля подводная лодка несколько раз обнаруживала корабли и суда противника, но атаковать их не смогла. 6 февраля «С-13» уклонилась от встречи с вражеской подводной лодкой. В 22.15 9 февраля во время зарядки аккумуляторных батарей акустик услышал шум винтов крупного корабля.
Руководствуясь акустическими пеленгами, А.И. Маринеско стал сближаться с целью. В 0.30 10 февраля были обнаружены огни, а в 2.10 и силуэты нескольких кораблей, самый крупный из которых опознали как крейсер. Это был транспорт «Штойбен» (14660 брт), который шел из Пиллау на запад в сопровождении тральщика и торпедолова. Атаке из носовых аппаратов помешал один из кораблей охранения. Тогда, изменив курс, «С-13» произвела двухторпедный залп из кормовых аппаратов. На судне произошло несколько сильных взрывов, после чего оно быстро затонуло. Занятые спасательными работами, корабли охранения не преследовали подводную лодку, но поднять из воды им удалось лишь 659 человек из 4267 находившихся на борту. 15 февраля «С-13» прибыла в Турку. После этого похода «С-13» вышла на первое место в советском флоте по уничтоженному вражескому тоннажу.
За успешные действия экипажа по нарушению вражеских морских коммуникаций Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 апреля 1945 г. «С-13» была награждена орденом Красного Знамени.
20 апреля «С-13» вышла в очередной поход. На момент окончания войны «С-13» находилась в море и 23 мая последней из подводных лодок КБФ вернулась в базу.
«С-13» совершила 4 боевых похода (154 суток), 12 торпедных атак, в результате которых было потоплено 4 судна (44896 брт) и, возможно повреждено еще 1 судно. Артиллерийским огнем потоплено 1 судно (363 брт) и, возможно, потоплено еще 1 судно.
В сентябре 1954 г. подводная лодка «С-13» выведена из боевого состава.
Заложена 20 июня 1937 г. в Горьком на заводе № 112 (Красное Сормово). 20 апреля 1938 г. спущена на воду. 27 декабря 1940 г. вошла в состав КБФ 22 июня 1941 г. встретила под командованием капитана 3 ранга В.К. Векке в составе 2-го дивизиона 1-й бригады подводных лодок КБФ в Усть-Двинске.
27 июня «С-101» была направлена на позицию к Ирбенскому проливу, где в течение 17 суток в основном плавала на безопасной глубине или отлеживалась на грунте. При возвращении в базу у Соэла-Вяйн была атакована самолетом противника, который сбросил две бомбы: одна пробила цистерну быстрого погружения, вторая упала в 3–4 м от борта, но обе не взорвались. С возвращением 17 июля в базу лодка была подготовлена к переходу по Беломорканалу на Северный флот. 8 сентября лодка прибыла в Беломорск. 17 сентября 1941 г. «С-101» зачислена в состав СФ. После завершения курса боевой подготовки, лодка 13 декабря прибыла в Полярный.
1 февраля 1942 г. лодка вышла в поход. 2 февраля в районе Тана-фьорда она высадила группу разведчиков. 6 февраля в Конгс-фьорде атаковала двумя торпедами, стоявший на якоре транспорт. Командир лодки наблюдал за транспортом до его исчезновения с поверхности моря.
В октябре-декабре 1942 г. СФ провел операцию по выводу ледоколов, транспортов и кораблей из Арктики. Для ее прикрытия «С-101» была направлена к северной оконечности о-ва Новая Земля.
2 декабря 1942 г. командиром лодки назначен капитан 3 ранга П. И. Егоров.
11 июня 1943 г. «С-101» вышла на позицию в районе Конгс-фьорда. 14 июня — 1 июля 1943 г. — операция по выводу ледоколов из Молотовска в Арктику. Лодке была поставлена задача перехватить надводные корабли противника, которые могли выйти в море.