26 октября, действовавшая на позиции у м. Слетнес, «С-101» сначала с помощью гидроакустической станции, а затем в перископ обнаружила следовавшие строем уступа два вражеских тральщика. Выждав, когда силуэты кораблей стали проектироваться в одну линию, командир лодки с дистанции 8 кбт произвел четырехторпедный залп. Спустя 1,5 мин после выхода торпед последовали три взрыва. При осмотре через 5 мин в перископ горизонта на поверхности моря неприятельских кораблей не было видно, шумы их винтов не прослушивались, предполагалось, что оба тральщика затонули.
17 августа 1944 г. командиром назначен капитан- лейтенант (затем капитан 3 ранга) Е.Н. Трофимов.
26 октября 1944 г. «С-101» вышла на позицию в районе м. Слетнес — м. Нордкап для поиска и уничтожения кораблей и судов противника. 28 октября лодка прибыла на позицию. 31 октября в 8.08, обнаружив в перископ три миноносца, она с дистанции 13 кбт атаковала концевой корабль, но безуспешно. В 15.15 с расстояния 11 кбт она атаковала двумя торпедами два вражеских тральщика, но безрезультатно. вражеские корабли преследуя «С-101» сбросили несколько серий глубинных бомб, в результате чего она получила повреждения, но боеспособности не потеряла и до 10 ноября находилась на позиции, после чего вернулась в базу.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 мая 1945 г. «С-101» была награждена орденом Красного Знамени.
«С-101» совершила 12 боевых походов (179 суток), 12 торпедных атак, в результате которых потоплено 1 судно, 2 корабля и, возможно, потоплено еще 1 судно.
После войны служила на Севере, в 1956 г. была исключена из списков ВМФ.
Заложена 13 ноября 1938 г. в Горьком на заводе № 112 (Красное Сормово). 25 апреля 1939 г. спущена на воду. Осенью 1941 г. лодка была переведена в Астрахань для достройки на заводе № 638 и прохождения испытаний. 15 октября 1942 вошла в состав КБФ.
19 марта 1943 г. нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов приказал в целях усиления подводных сил СФ перевести из Каспийского моря в Белое вновь построенные подводные лодки, в том числе «С-104» (командир капитан-лейтенант М.И. Никифоров). Переход от Баку до Горького лодки совершали своим ходом, а от Горького до Архангельска — в плавучих доках по рекам Волга, Шексна и Северо-Двинской водной системе.
С 14 по 17 апреля отряд подводных лодок перешел из Баку в Астрахань. 26 апреля — 13 мая «С-104» перешла из Астрахани в Горький. 25 мая она прибыла в Архангельск и 2 июня включена в состав Учебного отряда подводного плавания СФ.
Первый боевой поход с 18 января по 5 февраля 1944 г. на позицию в район м. Нордкин закончился неудачно, противник ни разу не был обнаружен.
13 марта 1944 г. командиром корабля назначен капитан 3 ранга (впоследствии капитан 2 ранга В.А. Тураев.
Для нарушения морских перевозок 14 апреля «С- 104» вышла на позицию у побережья Северной Норвегии, но из-за неисправности гирокомпаса до позиции не дошла и 19 апреля вернулась в базу.
Вновь в боевой поход лодка вышла 21 апреля. На следующий день она была атакована немецкой подводной лодкой, но торпеды прошли мимо. Дважды «С- 104» пыталась атаковать вражеские конвои, но неудачно. 7 мая лодка вернулась в базу.
11 июня «С-104» вышла на позицию в районе Конгс-фьорда. 20 июня получив радиодонесение о движении конвоя противника, лодка направилась на его перехват в район м. Омганг — м. Слетнес, где в 16 ч обнаружила два транспорта, следовавшие на запад в охранении восьми кораблей. Сблизившись с конвоем на дистанцию 12 кбт, командир обнаружил, что головной транспорт и два корабля охранения сливаются в одну цель. Он произвел четырехторпедный залп, после которого наблюдал в перископ взрывы торпед у борта сторожевого корабля, транспорта и тральщика. (В.А. Тураев считал, что им потоплены транспорт (8 тыс т и два корабля охранения). Как выяснилось после войны в результате атаки погиб охотник за подводными лодками «Uj-1209». Преследуя подводную лодку, вражеские корабли сбросили 41 глубинную бомбу, причинив ей незначительные повреждения, но она смогла оторваться от преследования. 26 июня «С-104» вернулась в Екатерининскую гавань.
15 августа 1944 г. «С-104» вышла из Полярного к м. Желания для решения задач противолодочной обороны. 18 августа она прибыла на позицию, но, пробыв там до 9 сентября и не встретив противника, 13 сентября вернулась в главную базу.
Вечером 8 октября «С-104» вышла из Полярного в район Тана-фьорда и 10 октября прибыла на позицию. 12 октября в 13.17 лодка, с дистанции 7 кбт. четырьмя торпедами потопила пароход «Лумме» (1730 брт). 15 октября около 1 ч ночи лодка дважды атаковала вражеский конвой, в составе четырех транспортов и 20 кораблей охранения. В.А. Тураев предполагал потопление одного из транспортов, но впоследствии это не подтвердилось. 24 октября «С-104» возвратилась в базу.