2 января 1942 г. он обеспечивал переход из Новороссийска в Феодосию конвоя из пяти транспортов с войсками. 5–6 января 1942 г. «Бойкий» совместно с линкором «Парижская Коммуна» из района Феодосии обстрелял скопление войск противника под Старым Крымом. В условиях шестибалльного шторма, эсминец выпустил 60 снарядов по скоплению войск у с. Щебетовка.
8 января «Бойкий» доставил в б. Двуякорную у Феодосии 450 бойцов и 15 т боеприпасов и продовольствия.
Вечером 13 января при выходе из Новороссийска эсминец столкнулся с транспортом, получил повреждения и вернулся в Новороссийск. 16 января он перешел для ремонта в Туапсе. 22 января при стоянке в Туапсе во время сильного шторма получил повреждения корпуса. 11 февраля ремонт завершился.
26 февраля «Бойкий» совместно с лидером «Ташкент» и эсминцем «Бдительный» обстрелял скопление войск противника на побережье Феодосийского залива, израсходовав 60 снарядов.
27 и 28 февраля эсминец сопровождал линкор «Парижская Коммуна», вышедший из Новороссийска для обстрела войск противника на побережье Феодосийского залива. Эсминец вел огонь по с. Старый Крым.
21 и 22 марта в составе отряда (линкор «Парижская Коммуна», лидер «Ташкент», эсминцы «Бойкий» и «Железняков») вел огонь по скоплениям войск противника в районе Владиславовки и Новомихайловки.
В 1942 г. «Бойкий» доставлял пополнение в Севастополь 16 января, 22 февраля, 5, 13, 26 апреля и 23 мая. Находясь в Севастополе, он выполнял стрельбы, поддерживая войска СОР, израсходовав 22 февраля — 74, 5 апреля — 40, 14 апреля — 10, 15 апреля — 16 и 26 апреля — 52 снаряда.
Лето 1942 г. корабль провел в ремонте.
В сентябре «Бойкий» совершил один рейс, доставив в Туапсе войска.
2 октября совместно с эсминцем «Сообразительный» обстрелял порт Ялта, израсходовав 97 снарядов. В порту возникли насколько пожаров.
С 30 ноября по 2 декабря «Бойкий» совместно с эсминцем «Беспощадный участвовал в набеге на коммуникации противника у болгарского побережья. 1 декабря, в тумане, они атаковали артиллерией и торпедами прибрежные скалы, приняв их за конвой. «Бойкий» израсходовал 6 торпед и 48 снарядов.
В ночь на 20 декабря совместно с лидером «Харьков» обстрелял порт Ялта, выпустив 168 снарядов.
1 февраля 1943 г. «Бойкий» в составе отряда кораблей (крейсер «Ворошилов», эсминцы «Бойкий», «Беспощадный», «Сообразительный») оказывал артиллерийскую поддержку войскам 47-й армии в районе Новороссийска. Корабли с дистанции 125–130 кбт на 12-узловом ходу, обстреляли позиции войск противника на участке гора Колдун — цементные заводы, «Бойкий» израсходовал 206 снарядов.
4 февраля 1943 г. в ходе десантной операции в районе Южной Озерейки, «Бойкий» осуществлял демонстративные действия в районе Анапы, израсходовав 286 снарядов.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 февраля 1943 г. «Бойкий» был награжден орденом Красного Знамени активные боевые действия в течение полутора лет войн и проявленные при этом экипажем корабля мужество и героизм.
30 апреля «Бойкий» с эсминцем «Беспощадный» вышли из Батуми в район Ялты, м. Чауда для поиска и уничтожения плавсредств противника. Ночью 1 мая эсминцы разделились, «Бойкий» направился к Ялте, однако из-за густого тумана от обстрела отказался. Утром встретил «Беспощадный» и к 20 ч эсминцы возвратились в Батуми.
13-14 мая совместно с лидером «Харьков» выходил для обстрела аэродрома противника в Анапе. Ночью 14 мая они израсходовали 235 снарядов. В районе аэродрома наблюдались пожары. При отходе корабли были безрезультатно атакованы торпедными катерами противника.
4-5 июня участвовал в демонстративном походе отряда кораблей в район Пицунда, Сочи. 30 сентября 1943 г. совместно с эсминцами «Беспощадный» и «Способный» выходил на коммуникацию Ялта — Феодосия, судов противника не обнаружили.
За время боевых действий, «Бойкий» прошел более 40 тыс. миль, провел свыше 80 стрельб по берегу, уничтожив 9 артбатарей и до полка пехоты противника. Перевез до 2000 т грузов, более двух полков пехоты, без потерь отконвоировал 71 транспорт. Отразил десятки атак немецкой авиации (на него было сброшено свыше 300 авиабомб и 14 торпед), сбив при этом 3 и повредив 2 самолета.
24 апреля 1944 г. командиром корабля назначен капитан 2 ранга Л.Г. Леут, а 12 июня 1944 — капитан 3 ранга В.Г. Бакарджиев.
5 ноября 1944 г. в составе эскадры Черноморского флота «Бойкий» вернулся в Севастополь.
С 1948 г. до декабря 1951 г. прошел капитальный ремонт и модернизацию на заводе № 497 в Севастополе.