В тот же день — 12 июля — воздушная разведка, обнаружила большой конвой противника в Ирбенском проливе. Эскадренные миноносцы должны были найти и атаковать противника утром на подходе к порту выгрузки. Корабли (7 эсминцев и 2 сторожевых корабля) вышли на поиск конвоя в 6 часов 13 июля. Отряд разделился на три группы. «Стойкий», «Гордый», «Грозящий» и «Сильный» шли центральной частью залива до видимости Даугавгрива. В 13 часов все корабли, не обнаружив конвоя, соединились у Рижского буя, обстреляли порт Даугавгрива и вернулись в Моонзунд. В.П. Дрозд приказал «Стойкому» идти в Таллин, сменить поврежденный винт. 14 июля эсминец встал на Таллиннском рейде.
18 июля «Стойкий» ушел в Кронштадт, где встал к стенке Морского завода для ремонта, который продлился почти месяц. 14 августа Д.Я. Самус предал командование «Стойким» бывшему старпому капитан- лейтенанту (затем капитану 3 ранга) Б.П. Левченко.
С 25 по 27 августа «Стойкий» совместно с «Сильным» поддерживал наши войска на побережье Выборгского залива. Эсминец выпустил 490 130-мм снарядов по позициям противника в районе Койвисто и Лиханиеми и еще 60 по транспортам в районе Транзунда. 28–30 августа «Стойкий» стоял в готовности к открытию огня у Койвисто, а 31 августа вернулся в Кронштадт.
3 сентября «Стойкий» с минзагом «Урал» и эсминцем «Сильный» вышел на минную постановку в район южнее Гогланда. Эсминец выставил 80 минных защитников. Во время постановки корабли были обстреляны батареей с острова Торсари. Корабли поставили дымовую завесу, и батарея прекратила огонь. В ночь на 14 сентября эсминец выставил 64 мины в районе банки Вигрунд.
Утром 15 сентября «Стойкий» был отправлен из Кронштадта в Ленинград в распоряжение штаба Морской обороны города. Эсминец занял позицию в Морском канале Ленинградского порта. С 16 сентября по 21 октября корабль принимал активное участие в обороне города. За это время он провел 54 стрельбы главным калибром, выпустив 576 снарядов. Неоднократно зенитчики «Стойкого» открывали огонь и по вражеским самолетам. Несколько раз эсминец, используя корректировочный пост, вел контрбатарейную стрельбу. 6 октября, во время одной из таких дуэлей, немецкий 210-мм снаряд, отрикошетив от стенки набережной («Стойкий» находился в Гутуевском ковше торгового порта), пробил насквозь оба борта корабля в районе 41-го шпангоута и разорвался в воде. Попадание было крайне опасным — снаряд прошел через погреба 130-мм и 45-мм боезапаса. Загорелись 12,7-мм пулеметные патроны, которые затем взорвались, смяв переборку на 51-м шпангоуте и вспучив верхнюю палубу по всей ширине. К счастью, мгновенной детонации остальных боеприпасов не произошло, а хлынувшая через пробоину вода быстро затопила оба погреба. Вспыхнувший пожар в кубрике был быстро ликвидирован силами личного состава, потери экипажа составили 9 человек ранеными.
Эсминец отдал швартовы и вышел из зоны обстрела. Корабельные средства не справлялись с откачкой воды, носовая часть погружалась в воду. Помог эсминцу стоявший неподалеку ледокол «Волынец», к борту которого «Стойкий» успел подойти своим ходом. С ледокола подали шланги, заработали мощные помпы и, после заводки пластыря, поступление воды прекратилось. Ремонт корабля выполнил Балтийский завод.
Одной из крупных и сложных, а главное, успешных операций, проведенных в 1941 году Краснознаменным Балтийским флотом, является операция по эвакуации гарнизона Ханко, в которой принял участие и «Стойкий».
30 октября приказом командующего КБФ был сформирован 1-й отряд кораблей для перевозки войск с Ханко. В состав отряда включили минный заградитель «Марти», эсминцы «Стойкий» и «Славный», пять БТЩ и пять катеров малых охотников. Возглавил отряд командующий эскадрой вице-адмирал В.П. Дрозд.
«Стойкий» находился в Ленинграде, у стенки Балтийского завода, устраняя повреждения, полученные 6 октября в результате попадания немецкого снаряда. 31 октября «Стойкий» перешел на Кронштадтский рейд, на эсминец прибыл вице-адмирал В.П. Дрозд со своим штабом. 1 ноября в 3.15 корабли снялись с якоря. Утром отряд прибыл на рейд Сууркюля на острове Гогланд, чтобы переждать светлое время суток.
С наступлением темноты отряд вышел с Гогланда и взял курс на запад. В 7.00 отряд в полном составе прибыл на рейд Ханко. Артиллерия финнов открыла огонь по кораблям. Чтобы не дать врагу пристреляться эсминцам пришлось маневрировать на рейде и на ходу принимать гангутцев с катеров и буксиров.
«Стойкий» принял на борт около 500 человек. В 19.43 отряд направился из Ханко в море. На обратном пути по бортам кораблей выставили наблюдателей с длинными шестами, чтобы отталкивать плавающие мины. 3 ноября в 8.00 отряд прибыл на Гогланд и встал на якорь на восточном рейде.