После значительных потерь в материальной части из состава 4-й сад полки, передав имевшиеся еще самолеты, отправлялись на перевооружение на восток. 1 июля 1941 года 50-й сбап в полном составе убыл в Калинин для переучивания на Пе-2. До 10 июля 1941 года с такой же целью в Иваново убыл 35-й сбап. Остальные два авиаполка 4-й сад передислоцировались: 38-й иап на аэродром Старая Русса, 63-й сбап на аэродром Поддорье.
В Таллине оставалась группа самолетов в составе И -15 — 5 шт., И-153 — 1 шт., И-16 — 1 шт., УТИ-4 — 2 шт., два летчика, семь техников и три младших специалиста. К 18 июля они были переданы в состав 8-й армии и, вероятно, использовались как разведывательная авиация.
Девять СБ 11-й оаэ ПрибПО из Курессааре во второй половине дня 22 июня атаковали немецкие войска под Руцавой. Она же передала 27 июня звено МБР-2 в состав 15-й оаэ КБФ в Кихелькона. В дальнейшем эскадрилья с бомбардировщиками СБ вошла в состав 35-го сбап 4-й сад ВВС КА и перелетела на аэродром Выхма[168]
.Основные события в Начальном периоде войны, прямо влияющие на действия КБФ, проходили на сухопутном фронте. К началу июля после последовательного захвата немцами Лиепаи, Вентспилса и Риги была свернута система береговой обороны в Латвии. Личный состав, по возможности, был эвакуирован (в Курляндии), погиб при прорыве из окружения (в Лиепае) или отступил вместе с частями Красной армии (из Риги).
В Эстонии, после того как 16-я сд не успела убыть в полосу обороны Северо-Западного фронта, она с 23 июня вошла в состав Северного фронта и была подчинена командиру 22-го СК. Ей была поручена оборона побережья материковой части Эстонии в районе Таллина и остров Хийумаа[169]
. Оборона острова Сааремаа была возложена на Северо-Западный фронт. Береговая оборона оставалась в подчинении командующего КБФ. При отсутствии морских целей и наличии сухопутных целей БО выполняет заявки сухопутных войск[170].По воспоминаниям генерал-майора И. М. Любовцева, 24 июня командующий войсками Северо-Западного фронта приказал ему принять командование над всеми сухопутными войсками Красной армии в Эстонии. Это не совсем так. Сначала командование войсками на территории Эстонии принял командир 22-го СК. Ему подчинялась и 16-я сд. К началу июля она была полностью отмобилизована. С учетом того, что 11-я сд перебрасывалась в полосу фронта, для обороны от десанта побережья, в Эстонию направлялись формирования курсантов военных училищ из Ленинграда[171]
.С 27 июня КБФ в оперативном отношении был подчинен командующему Северным фронтом[172]
. Так как в частях бывших прибалтийских территориальных корпусов имелись попытки мятежа (корпусные части 29-го СК и 184-й сд) и массового дезертирства, было принято решение переформировать их перед тем, как ввести в бой. Поэтому 22-й СК из Эстонии выводился в район Старой Руссы. С 30 июня 16-я сд выводилась из состава этого корпуса и временно подчинялась командующему КБФ[173]. Именно с этого времени командир этой дивизии стал главным начальником над частями Красной армии на территории Эстонии.Приближение немецких сухопутных войск к Эстонии создавало угрозу Главной ВМБ КБФ. Захват плацдарма на северном берегу Даугавы сначала в Даугавпилсе, а потом в Крустпилсе вынудили задействовать в воздушных ударах по плацдармам и авиацию флота. Первыми штурмовые удары по переправам немцев в Крустпилсе начала наносить 29 июня 43-я оаэ. С 30 июня в них должна была быть задействована вся бомбардировочная авиация КБФ. Еще до рассвета пара СБ вылетала на разведку и возвратилась в 6 ч 14 м. Уже в 6 ч 25 м с аэродрома Пярну поднялась первая шестерка СБ из состава 4-й эскадрильи 73-го ап под командованием майора Иванова. Через некоторое время, из-за потери ведущего, на базу вернулся один СБ. Все пять бомбардировщиков были сбиты над Даугавпилсом. К своим вышел экипаж лейтенанта Купика и один майор Иванов. Около 11 ч из Пярну вылетели еще две группы СБ и одна Ар-2. Первую в составе 5 СБ 4-й эскадрильи вел старший лейтенант Косов, а вторую в количестве 6 СБ 5-й эскадрильи — капитан Иванов. Третью группу, в составе 8 Ар-2 из 2-й эскадрильи, вел капитан Сыромятников. Первая и третья группы успешно отбомбились и вернулись на свой аэродром в полном составе. Вторая группа потеряла 4 СБ. В 12 ч 5 м на разведку из Пярну вылетела еще одна пара СБ. Оба самолета были сбиты. В итоге из 36 самолетов 73-го ап вылетавших на бомбардировку немецких переправ через Даугаву было сбито 11[174]
.