В числе первых жертв начавшейся войны 22 июня стали моряки торгового флота СССР. Немецкими торпедными катерами был потоплен пароход «Гайсма». У входа в открытое море морского канала ленинградского порта подорвался на магнитной мине и затонул пароход «Рухно». В Гамбурге была арестована команда советских моряков, во главе с капитаном Д. А. Невским, прибывшим для получения паровой шаланды «Чага», купленной накануне в Германии. В тот же день в Гамбурге были арестованы моряки еще двух команд. Были интернированы инженеры Морского Регистра СССР, наблюдавшие за приемом судов и экипажи шести пароходов, стоявших под грузовыми операциями в Штеттине и Данцинге. Всего было задержано 32 советских парохода и около 900 членов экипажей захвачены в плен. К счастью, руководство БГМП дало указание транспортам «Луначарскому» и «Второй пятилетке», шедшим в германские порты, возвратиться в Ленинград[147]
. Еще большие потери понесло Эстонское государственное морское пароходство. В ночь с 21 на 22 июня при совершении рейса Рига — Стокгольм был захвачен немецкими торпедными катерами S.27 и S.28 и приведен в Турку грузопассажирский пароход «Эстония». В эту же ночь было потоплено торпедными катерами немцев S.43, S.44, S.104 и S.106 грузовое судно «Лииса» и плавмаяк «Хийумадал». Были интернированы в Швеции грузовые суда «Май», «Пеет», «Тоомас», в Дании — «Эгон», «Ирене» и парусная шхуна «Гун». Были захвачены в немецких портах: в Готенхофене — «Кадри» и «Таллин», в Любеке — «Койдула», в Кенигсберге — «Юлиа», в Гамбурге — «Хильдур», в Штеттине — «Сигрид»[148].Сразу же после начала войны КБФ начал отмобилизование плавсредств, личного состава, техники и лошадей. Суда для переоборудования в сторожевые корабли, тральщики и канонерские лодки поступали из организаций, расположенных в акватории Балтийского моря. Как правило, вместе с ними мобилизовывались и экипажи этих кораблей. Личный состав и техника береговой обороны и ВВС доукомплектовывался по мобилизации из ОрВО[149]
. Из-за того, что мобилизационные перевозки были до начала войны не проработаны, прибытие мобилизованных их этого округа произошло с опозданием. Всего в части КБФ с М-3 по М-9 должно было прибыть 18 эшелонов из ОрВО с военнослужащими запаса (краснофлотцы и старшины) и 1 эшелон с начсоставом из ОрВО (в Ригу) и 1 эшелон с начсоставом из ЛенВО (в Таллин и Ригу), а также на М-8 — М-11 18 эшелонов с автомехтранспортом из ОрВО[150]. Однако сроки отмобилизования были сорваны. К моменту прибытия этих эшелонов значительная часть Прибалтики уже была оставлена, а части, для которых были предназначены эти военнослужащие, разгромлены. Поэтому эшелоны направлялись в Ораниенбаум и Кронштадт, где позднее из прибывшего личного состава формировались морские бригады КБФ. С 22 июня 2-й Балтийский отряд погрансудов на основании совместного распоряжения наркомов ВМФ и НКВД был передан в оперативное подчинение КБФ[151]. Усиливалась оборона ГлВМБ. 31-му мсб на вооружение было передано два 45-мм ПТО, два 82-мм и один 120-мм минометы[152]. В соответствии с довоенными планами КБФ начал создание минно-артиллерийских позиций в устье Финского залива, в Ирбенском проливе и перед Лиепаей.Кригсмарине, не стремясь к активным боевым действиям крупными силами на Балтике, упредили наш флот в постановке минных заграждений на коммуникациях и подступах к пунктам базирования кораблей КБФ. В ночь с 21 на 22 июня немецкая группа минных заградителей «Nord» в составе: «Brummer», «Tannenberg», «Hansestadt Danzig»; выставила в устье Финского залива минное заграждение «Apolda» (севернее мыса Тахкуна). Группа минзагов «Cobra»: «Cobra», «Königin Luise», «Kaiser» в этот же период выставила северо-восточнее Палдиски минное заграждение «Corbetha».