Сразу после кишиневских событий Герцль вновь начал добиваться аудиенции у царя, поскольку все еще надеялся, что от позиции царя может зависеть решение султана дать хартию для Палестины. Своим личным заступничеством он надеялся облегчить безнадежное положение преследуемых. Однако царь его не принял. Тем не менее его поездка в Россию не была напрасной. Друзья устроили ему встречи с двумя наиболее влиятельными русскими министрами, Плеве и графом Витте. Это был прыжок в пасть льва. Было широко распространено мнение, что именно Плеве отдал полиции приказ не вмешиваться во время бесчинств в Кишиневе. Лондонская «Таймс» позднее опубликовала тайное послание, которое было серьезной уликой против министра. Но поскольку Плеве с весьма неприятным чувством ожидал предстоящего сионистского конгресса и публичной дискуссии о погромах, он довольно охотно принял Герцля, назвал себя лично другом евреев и пообещал немедленно похлопотать о заступничестве царя перед султаном, а также пообещал оказывать покровительство сионистской организации в России. У Герцля возникло ощущение значительного успеха. Он закрывал глаза на открытую жесткость, лежащую в основе симпатии Плеве к сионизму; Россия охотно желала бы избавиться от бедных, необразованных и бесполезных еврейских масс и в то же время сохранить интеллигентных и ассимилированных евреев.
На обратном пути во время короткой остановки в Вильне Герцль почувствовал, что такое Россия — еврейская Россия. Толпы людей приветствовали его на улицах, прославляли как освободителя, как будущего царя («хамелех Герцль»), и уже далеко за полночь, когда он ехал по боковым улочкам к вокзалу, город был все еще лихорадочно возбужден. Произошли жестокие столкновения с полицией. Все это произвело на Герцля потрясающее впечатление; он пережил сразу, за несколько часов, нищету гетто, надежды и воодушевление масс, полицейский произвол, благодарность за дело, которое еще только зарождалось. Из России он отправился прямо на конгресс в Базель.
Когда в конце августа 1903 года на VI конгрессе в Базеле Герцль излагал делегатам восточноафриканский проект, он заявил: «Разумеется, это не Сион и никогда не сможет им стать. Это всего лишь поддержка колонизации, но, следует заметить, на национальной и государственной основе. Поэтому мы не можем и не будем давать нашим массам сигнал к отъезду. Это исключительно вынужденная мера, которая должна положить конец теперешней беспомощности всех филантропических начинаний и внушает надежду на конечный успех сионизма». Но значительная часть участников конгресса сочла предложение Англии все же несовместимым с принятой в 1897 году Базельской программой. Среди противников восточноафриканского проекта даже раздались возгласы «Предатель!» в адрес Герцля. Дэвис Тритш, один из основных противников восточноафриканского проекта, во время дебатов обвинил Герцля в необдуманных действиях при обсуждении кипрско-синайского варианта, неудачном ведении переговоров, постоянной погоне за сиюминутным успехом, недобросовестности и в конечном счете — в неспособности руководить движением. «Дайте мне и моим друзьям, — сказал он в заключение своей речи, — часть тех полномочий, с которыми наше теперешнее руководство ничего не достигло, и я найду что-нибудь получше и поближе к Палестине, чем Восточная Африка».
Поименное голосование, с помощью которого решался не вопрос «Восточная Африка или Сион», а лишь спор об экспертизе английского предложения специальной комиссией, дало следующие результаты: 295 делегатов «за» и 178 — «против». 100 делегатов воздержались. Проголосовавшие отрицательно были в основном восточными евреями, прежде всего из России. «За» проголосовали, как правило, представителями других стран во главе с делегатами из Германии. Когда Герцль объявил о результатах голосования, его противники покинули зал. Ясно чувствовался всеобщий упадок духа. Раскол движения казался неизбежным.
То, что конфликт удалось предотвратить, пусть и не устранив до конца, следует отнести исключительно за счет неустанных усилий Герцля. Его заявление о том, что восточноафриканский проект не означает изменения или отказа от целей Базельской программы, успокоило присутствующих. Оппозиция вновь появилась в зале, и Шмарья Левин сообщил, что выход из зала «был не демонстрацией, а спонтанным выражением нашего глубокого душевного потрясения из-за решения, в котором мы усмотрели отклонение от Базельской программы…» И когда, наконец, Герцль произнес на иврите древний обет: «Если я забуду тебя, Иерусалим, пусть отсохнет десница моя», поднялся долго не смолкавший шквал аплодисментов.
По окончании VI конгресса в присутствии Зангвилла, Нордау и Коуэна Герцль в полном душевном и физическом изнеможении произнес: