«У меня и у моих сверстников все вытекало из советской власти. Все — вкусы, пристрастия, интересы и сексуальные неврозы — это был фактор, подавляющий все остальные. У современных молодых людей ничего этого нет, они гораздо свободней по сравнению с нами. У них более чистое интеллектуальное отношение, а не экзистенциональное, как у нас»,
— продолжает А. Л. Зорин.
Кризис распада советской системы достаточно точно совпал по времени с кризисом отечественного структурализма, представлявшего собой главную интеллектуальную альтернативу засилью истмата с диаматом. По воспоминаниям молодых тартусцев или участников родственных движений (таких, например, как Тыняновские чтения), научная исчерпанность школы, которая ясно чувствовалась в конце 80-х годов., привела к отказу от ее методов в начале 90-х.
«Уже на „Тыняновских чтениях“ конца 1980-х годов чувствовалась исчерпанность парадигмы. Возникал контраст между идейным богатством первых конференций и этими заседаниями, где все сводилось к чисто традиционному литературоведению. Когда начинался журнал „НЛО“, было ощущение полной исчерпанности того, что позволяло работать в позднесоветский период»,
— считает С. Л. Козлов, филолог из РГГУ, много лет проработавший редактором журнала «НЛО».
По сути, критика Московско-тартуской школы мало отличалась от критики, адресованной несколько раньше функционалистским парадигмам, в частности, французскому структурализму. Подчинение многообразия жизни редукционистской схеме, разрыв между эмпирическими исследованиями и обобщениями, создание «эзотерического дискурса» — так можно резюмировать смысл этой критики.
К середине 90-х годов. Московско-тартуская школа, в советские времена символизировавшая и последнее слово науки, и, главное, оппозиционное марксизму научное течение, начала восприниматься даже ее молодыми выпускниками как консервативное, охранительное направление.
«С Московско-тартуской школой сейчас не происходит ничего, потому что эпоха ее существования завершилась. Это был культурный феномен, который существовал в определенный исторический период. Конечно, в Тарту продолжают работать замечательные филологи, ученики Лотмана. Они вряд ли согласятся, что школа умерла. Выходят „Труды по знаковым системам“, „Труды по русской филологии“. Но она больше не является культурным феноменом, каким она была в 1960–1970-е гг. Ее кризис был вызван тем, что изменились социокультурные условия. Школа выросла в условиях советской действительности. <…> И когда этот контекст распался, эта школа превратилась из авангарда в нечто, противостоящее новомодным течениям»,
— рассказывает филолог, выпускник Тарту, редактор журнала «Критическая масса» Г. А. Морев.