Министр обороны США Роберт Макнамара доложил о данных разведки президенту Кеннеди, который расценил строительство пусковых установок как оборонительную акцию. Эти беседы в американских правительственных кругах совпали с выводом 0 провале "Операции Мангуст", которая к этому времени согласно плану должна была перейти к заключительной стадии - свержению кубинского правительства. Контрреволюционные банды истреблялись одна за другой, и хотя непрерывные диверсионные акты наносили определенный ущерб, они вряд ли могли привести кубинскую экономику к краху.
Тогда правительство Соединенных Штатов развернуло кампанию по осуждению присутствия советского ядерного оружия на Кубе. 2 сентября Советский Союз ответил заявлением ТАСС, в котором утверждалось, что эти действия носят исключительно оборонительный характер. Четырьмя днями ранее Пентагон дал указание подготовить объединенное воздушное и морское нападение на Кубу, которое должно было состояться в конце месяца. 15 сентября в порту Мариэль ошвартовалось советское грузовое судно "Полтава", доставившее первую из ракет, которую тайно перевезли на базу в Сан -Кристобале. На заседании Организации Объединенных Наций советский министр иностранных дел Андрей Громыко обвинил Соединенные Штаты в разжигании войны.
Несмотря на возрастающую напряженность, Че все так же продолжал уделять большое внимание проблемам работы своего министерства - таким, например, как качество изделий кубинской промышленности. "Мы должны быть требовательны ко всякой продукции, предназначенной для массового потребления... Кто-нибудь чиркает спичкой, чтобы закурить сигарету, а головка спички отламывается". Приводя примеры потерь, он сказал:
"Более года тому назад я проехал по Нуэвитасу и видел станки, стоявшие без дела под открытым небом в километре от моря. Директор ... не установил их, так как у него не оказалось подъемного крана... Их можно было перевезти на катках. Именно так египтяне строили пирамиды и перевозили огромные камни кто знает на сколько километров. Ну а сейчас Куба, которая строит социализм, не в состоянии перетащить камень, который весит меньше тонны".
6 октября Пентагон приступил к осуществлению оперативных планов №№ 312, 314 и 316, согласно которым должно было осуществляться вторжение на Кубу. Они предусматривали, в частности, массированные бомбардировки с воздуха. Че тем временем из соображений безопасности снова перевез свою семью на другое место жительства.
13 октября Честер Боулз встретился с советским послом в США Анатолием Добрыниным и сообщил тому, что у американцев имеются свидетельства наличия на Кубе ядерных ракет. Посол, не имевший информации о происходившем, отрицал это. Но многочисленные полеты "У-2" приносили все новые и новые подтверждения того, что в Сан-Кристобале идет строительство базы для размещения ракет класса "земля - земля" с радиусом действия 1500 миль. Правда, не было никаких оснований полагать что у них имелись ядерные боеголовки; к тому же аналитики ПРУ не считали, что ракеты могли быть готовы к запуску. Американский посол в Организации Объединенных Наций Эдлай Стивенсон адекватно оценил ситуацию и сказал президенту Кеннеди, что советские ракеты на Кубе вполне сопоставимы с американскими ракетами в Турции. Так что моральных оснований оспаривать право Кубы на установку советских ракет у США, пожалуй, и не было.
В тот самый день Че принимал алжирского революционера Ахмеда Бен Беллу. Встреча была демонстрацией солидарности между молодыми революциями на Кубе и в Алжире. Но, не ограничившись этим жестом, Че и Бен Белла подписали соглашения, которые, как станет видно далее, будут направлены на поддержку иных революционных действий.
США тоже не дремали. Президент Кеннеди на той же неделе отклонил наиболее опасные из тех акций, которые предлагали его советники, такие, как массированный авиационный удар по Кубе, и решил ограничиться установлением военно-морской блокады острова. Кеннеди также попросил аппарат подыскать юридические основания для таких действий. Между двумя сверхдержавами непрерывно шли напряженные выяснения отношений. Советский министр иностранных дел Андрей Громыко при посещении Соединенных Штатов настойчиво доказывал, что ракеты, доставленные на Кубу, являются оборонительным оружием. Согласно советским источникам, на острове тогда имелись ядерные боеголовки, но они не были установлены на ракетах. Спустя еще два дня начались события, получившие название Кубинского кризиса.
В семь часов вечера 22 октября президент Кеннеди выступил в прямом эфире по общенациональному телевидению, заявив, что у него есть бесспорные доказательства наличия советских военных баз на Кубе, и сообщил о начале военно-морской блокады. В ответ советским судам сразу же был дан приказ игнорировать блокаду.