Во втором акте скифы почти не присутствуют, но и эллинский мир оказывается внутренне раздвоенным и неоднозначным. Согласно сюжету, Орест и Пилад помещены в заточение под храмом Дианы. Душой Ореста владеют хаос, мрак и отчаяние. В своей арии «Боги, преследующие меня» он проклинает себя как преступника, порвавшего узы родства и приведшего друга на верную смерть. Между тем музыка этой страстной арии всё-таки даёт слушателю понять, что Орест не лишён царственного величия: трубы, литавры и сама тональность ре мажор в XVIII веке символизировали доблесть и героику. Пилад отвечает ему ангельски просветлённой арией, которую можно было бы счесть выражением идеальной братской любви, если бы она не говорила в то же время о смерти. Мелодика арии Пилада своей лучезарной грацией напоминает музыку Моцарта, где точно также светлый мажор может таить внутри себя глубокую скорбь, понятную лишь чуткому слуху.
Скифский царь приказывает разделить пленников, и Орест на некоторое время оказывается один. Поначалу ему мерещится, что силы преисподней отступились от него. Но Глюк сам говорил, что краткая ария Ореста «Покой снизошёл в моё сердце» — самообман. Музыка явно противоречит тексту. Жестокие муки больной совести, олицетворяемые фуриями, вновь начинают терзать одинокого героя. Сцена Ореста с фуриями — одна из кульминаций оперы, и она, как и пляски скифов в первом акте, фактически занимает место традиционного балетного дивертисмента, ни в коей мере не являясь таковым. Музыка этой сцены не совсем оригинальна: Глюк перенёс сюда материал из своего венского балета «Семирамида» (1765), сюжет которого, однако, также был трагическим. Здесь в музыке вновь прорывается дыхание бушующей стихии, напоминающее о буре в интродукции, но только вместо чинного хора жриц раздаются гневные выкрики фурий, сливающиеся в жуткий вердикт, — «Матереубийца!», а вместо молитвенных фраз Ифигении — возгласы мятущегося Ореста: «О, какое мучение!» В конце этой сцены, согласно ремарке в либретто, появляется окровавленный призрак Клитемнестры, и Орест уже не поёт, а кричит: «Моя мать!»…
В этом месте Глюк заставил своего либреттиста соединить два акта, неразрывно связав кошмарное видение Ореста с появлением на сцене Ифигении. Изначально в опере должно было быть пять актов. Но гениальное драматургическое чутьё Глюка подсказало ему психологически безошибочный ход. Ифигения выходит из полумрака подземелья неожиданно, и Орест видит в ней Клитемнестру — то есть на подсознательном уровне узнавание сестры происходит уже здесь, но душевное смятение не позволяет Оресту предположить, что сходство жрицы Дианы с убитой им матерью не случайно. Мучительный диалог Ифигении с Орестом продолжает роковую цепь недоразумений. Орест рассказывает ей обо всём, что произошло в их родном доме, от убийства Агамемнона до убийства Клитемнестры, но не называет своего имени, а в ответ на вопрос о том, что же случилось с Орестом, отвечает, что он погиб, разумея под этим свою неминуемую смерть у алтаря Дианы. Ифигения настолько потрясена, что не в силах продолжать тягостный разговор, так что и она ничего не говорит Оресту о своём прошлом. Покинув пленника, она оплакивает свою участь в арии «О злосчастная Ифигения», и хор жриц присоединяется к её горестным стенаниям. Невзирая на крайне печальный текст, музыка арии — мажорная и просветлённая, в ней, как и в арии Пилада, звучит благородная сдержанность, присущая идеальным образам классического искусства.
Глюк использовал в этой арии материал первой части арии Секста из своей оперы-сериа «Милосердие Тита», чего отнюдь не скрывал — та ария была, возможно, не столь популярной, как «Потерял я Эвридику», но тоже достаточно широко известной. В письме Гийяру от 17 июня 1778 года композитор попросту выписал итальянский текст первой строфы арии, требуя, чтобы новый французский текст согласовался с прежней просодией.
Разросшийся второй акт завершается сценой в храме, где Ифигения и жрицы совершают заупокойный обряд по погибшему, как все полагают, Оресту. Музыка хора жриц с кратким молитвенным соло Ифигении в середине — вновь автоцитата, причём двойная. Материал заимствован всё из той же арии Секста, из её контрастной второй части. Но тонкость заключается в том, что Глюк, очевидно, рассчитывал на узнавание мелодии хора парижской публикой, потому что впервые он процитировал эту мелодию в первом акте «Ифигении в Авлиде». Там благородная менуэтная тема звучала в до мажоре, в «Ифигении в Тавриде» она вернулась в до минор (как оно и было изначально в арии Секста). Несомненно, Глюк хотел подчеркнуть эту связь, проведя параллель между Ифигенией-жертвой и Ифигенией-жрицей, вспоминающей о своей утраченной семье.